Le titre de l'œuvre provient de l'association des noms « Uchū Senkan Yamato » et « Kidō Senshi Gundam », formant l'idée de « Kidō Senkan Yamato Nadeshiko » ; le mot Nadeshiko fait aussi référence à l'expression « Yamato nadeshiko », idéal traditionnel de la féminité japonaise, et au nom d'une fleur.
Bien que son titre évoque Yamato et Gundam, le contenu de la série s'inspire en réalité de Star Trek : la nouvelle génération, série favorite du producteur Toshinori Otsuki.
Le producteur Toshinori Otsuki a conseillé au réalisateur Tatsuo Sato de créer « une œuvre banale, normalement d'esthète otaku, mais dans un certain sens classique », une orientation volontairement opposée à celle de Neon Genesis Evangelion, diffusé à la même époque et souvent comparé à Nadesico.
Les scénaristes ont volontairement inclus de nombreux clichés de la science-fiction animée japonaise, comme le voyage dans le temps ou l'invasion extraterrestre, pour mieux les détourner à la fin de la série.
Le scénario des épisodes 25 et 26, écrit par le story editor Noboru Aikawa en y intégrant « tous les éléments imaginables », avait un premier jet une fois et demie à deux fois plus long que la normale ; le réalisateur Tatsuo Sato a alors choisi de couper la majorité des explications sur les mystères pour ne conclure que la relation entre Yurika et Akito.
Le scénariste Takeshi Shudo a confié dans sa chronique en ligne que, s'il avait été aux commandes de la structure scénaristique, il aurait fait de la Nadesico elle-même, plutôt que d'un personnage, la véritable protagoniste d'un récit choral pouvant durer plus de 100 épisodes, regrettant que le projet ait dû se conclure en seulement 26 épisodes malgré le film qui a suivi.
Une équipe spécialement dédiée a été constituée pour reproduire fidèlement le style des animes de robots géants des années 1970 dans les séquences de la série fictive Gekiganger 3, montrée comme un dessin animé dans le dessin animé.
La série multiplie les clins d'œil autoréférentiels au monde de l'animation japonaise, notamment à Uchū Senkan Yamato ; un des personnages est un ancien doublage vocal parodiant l'actrice Megumi Hayashibara, une autre est une fan qui dessine ses propres doujinshi shōnen-ai, et un troisième est un otaku qui base toute sa vie sur Gekigangar III.
Un épisode tardif de la série parodie directement Macross en mettant en scène un concours de beauté « Miss Nadesico », avec épreuve en maillot de bain et chant, organisé par l'équipage pour élire une nouvelle capitaine-figure de proue.
La série Gekigangar, présentée comme un show dans le show, rend hommage (et parodie) de nombreux animes de super robots des années 1970-1980, en particulier Getter Robo de Go Nagai et Ken Ishikawa ; les guerres entre la Terre et les colonies planétaires évoquent Gundam, tandis que l'assortiment de personnages excentriques préférant choisir leurs propres combats rend hommage à Harlock.
En 2005, le réalisateur Tatsuo Sato a annoncé sur son site officiel l'arrêt définitif des projets de suites pour Nadesico et pour Uchū no Stellvia, précisant même que leur réalisation était devenue « à jamais impossible » — une formulation partiellement retirée dès le lendemain suite aux remarques de son entourage.
Sur Twitter en 2016 et 2021, Tatsuo Sato a laissé entendre, sans le nommer explicitement, que le producteur Toshinori Otsuki serait responsable de l'annulation des suites de Nadesico et de Stellvia, évoquant une possible révélation des détails « dans une dizaine d'années ».
Lors de la sortie en Blu-ray par Kadokawa en 2006, la série a bénéficié d'un remastering HD, second projet de ce type chez King Records après celui de Neon Genesis Evangelion.
En 2006, à l'occasion du 10e anniversaire du Japan Media Arts Festival organisé par l'Agence pour les affaires culturelles, la série a été classée 46e dans la sélection « 100 œuvres d'animation japonaise » en catégorie animation.
Le film s'est vu décerner le Animage Grand Prix en 1998 ; la même année, dans d'autres sondages du magazine Animage, Akito a été élu 9e personnage masculin préféré de l'année, Ruri Hoshino 2e et Yurika 8e personnages féminins préférés, tandis que la série télévisée a été votée 3e anime préféré de l'année.
Le jeu Ruriruri Mahjong sur Game Boy Color partage le même système de jeu que Neon Genesis Evangelion Mahjong Hokan Keikaku, édité aussi par King Records, ce qui permet, comme des fans l'ont vérifié, de faire communiquer les deux jeux entre eux via un câble spécial malgré leurs titres différents.
