Die Versuche, Ludlums Roman zu adaptieren, begannen 1981, wobei Warner Bros. schließlich eine Verfilmung von Jack Clayton mit Burt Reynolds plante, die nie realisiert wurde, da Reynolds kein Interesse zeigte; stattdessen wurde 1988 eine Fernsehfassung auf ABC ausgestrahlt.
Regisseur Doug Liman, langjähriger Fan des Romans, beschloss Ende der Produktion seines vorherigen Films Swingers 1996 mit der Entwicklung des Films zu beginnen, musste aber Jahre warten, bis die Rechte von Warner Bros. zurückkehrten.
Drehbuchautor Tony Gilroy mochte Ludlums Romane anfangs nicht und lehnte das Projekt ab, indem er einen früheren Entwurf von David Self als einen großen Actionfilm bezeichnete, stimmte dann aber zu, das Drehbuch umzuschreiben und nur die Kernprämisse eines Killer-Amnestikers beizubehalten.
Die Figur des Alexander Conklin und die Darstellung des Treadstone-Programms wurden von Regisseur Doug Limans Vater Arthur L. Liman inspiriert, dessen Memoiren über seine Tätigkeit als Chefanwalt in der Untersuchung der Iran-Contra-Affäre des Senats inspiriert, wobei Conklin teilweise auf Erinnerungen an Oliver North basiert.
Da Carlos the Jackal 1994 im echten Leben verhaftet und inhaftiert worden war, konnte er nicht wie im Roman als Schurke des Films verwendet werden, was Gilroy dazu führte, Treadstone und Conklin stattdessen als Hauptantagonisten zu erfinden.
Aufgrund von Bedenken bezüglich des Empfangs des Films nach dem 11. September drehte Produzent Frank Marshall ein alternatives Ende, in dem Ward Abbott anbietet, Bourne zurück in die CIA zu bringen, es wurde aber wegen der tonalen Unterschiede aus der Kinoversion entfernt.
Bevor Matt Damon besetzt wurde, wandte sich Doug Liman an Brad Pitt (der ablehnte, um stattdessen in Spy Game zu spielen), sowie an Russell Crowe, Arnold Schwarzenegger, Tom Cruise und Sylvester Stallone für die Rolle des Jason Bourne.
Sarah Polley war ursprünglich für die Rolle der Marie vorgesehen, aber nachdem sie ablehnte und Franka Potente stattdessen besetzt wurde, wurde die Figur von einer kanadischen Ökonomin in eine deutsche Vagabundin umgeschrieben.
Matt Damon unterzog sich drei Monate intensiver Ausbildung in Stuntarbeit, Waffenhandhabung, Boxen und die philippinische Kampfkunst Eskrima unter Stuntchoreograph Nick Powell und führte viele seiner eigenen Stunts durch, einschließlich des Erklimmens der Wände des sicheren Hauses gegen Ende des Films.
William Blake Herron wurde herangezogen, um Tony Gilroys Drehbuch mit mehr Action umzuschreiben, aber die meisten seiner Änderungen wurden verworfen, nachdem Matt Damon drohte, die Rolle aufzugeben, wenn sie verwendet würden; Herron erhielt trotzdem einen Schreiberkredit für die Eröffnungsszene, die er schrieb.
Liman bestand darauf, in Paris zu drehen, anstatt der günstigeren Alternative Montreal, obwohl dies bedeutete, dass das größtenteils französischsprachige Filmteam die englischsprachigen Schauspieler und Regisseur nicht verstehen konnte.
Ursprünglicher Produzent Richard N. Gladstein verließ die Produktion frühzeitig wegen der Schwangerschaft seiner Frau, was zu Verzögerungen führte, bis Frank Marshall ihn ersetzte.
Umfangreiche späte Nachaufnahmen und Umschriften verschoben das Veröffentlichungsdatum von September 2001 auf Juni 2002 und brachten den Film 8 Millionen Dollar über sein ursprüngliches Budget von 60 Millionen Dollar, wobei Gilroy während der Dreharbeiten Drehbuch-Neuschriften faxte.
Nach schlechten Reaktionen von Testgruppen drängte das Studio auf ein actionreicheres Finale in Paris mit einer großen Explosion, aber dieses Ende wurde letztendlich verworfen, da das Studio eine Explosion nach dem 11. September für unangebracht hielt.
Liman bediente oft selbst die Kamera während der Dreharbeiten, um eine intimere Verbindung zu den Schauspielern und dem Material zu schaffen, eine Gewohnheit aus seinem Hintergrund als unabhängiger Filmemacher.
Die gepriesene Pariser Verfolgungsjagd wurde hauptsächlich von einer zweiten Einheit unter Regie von Alexander Witt gedreht, die verschiedene unzusammenhängende Orte in der Stadt nutzte und sie montierte, um die Illusion einer kontinuierlichen Reise zu schaffen; Liman gab zu, dass 'jeder, der Paris wirklich kennt, es für unlogisch halten wird'.
Die Szenen, die im amerikanischen Konsulat gedreht wurden, verwendeten echte US-Marine-Wachposten, die die Rollen der Konsulatsgarden spielten.
Komponist Carter Burwell nahm ursprünglich einen traditionellen Orchesterpart für den Film auf, aber Regisseur Doug Liman lehnte ihn ab; John Powell wurde danach hinzugezogen und konzipierte, da bereits ein großer Teil des Musikbudgets ausgegeben worden war, anfangs einen überwiegend nicht-orchestralen Partituren mit Schlagzeug, Gitarren und Elektronik, später mit Streichern für filmische Qualität übertönt.
Das DVD-Release des Films übertraf Harry Potter und der Stein der Weisen bei den DVD-Verleiheinnahmen, verdiente 22,7 Millionen Dollar, einen Rekord, den es sieben Monate lang hielt, bis The Lord of the Rings: The Two Towers im August 2003 davon übernahm.
