«Macross Plus» wurde als Teil des «Macross-Vierprojekts» geplant, das aus Live-Action-Film, Fernseh-Anime, OVA und Kinofilm bestand, doch von diesen vier Projekten wurde nur die Live-Action-Verfilmung nicht realisiert.
Aufgrund von Kawamori Shojis Überzeugung, «nie das Gleiche zweimal zu tun», konnte er 10 Jahre lang keine Originalideen durchsetzen. Dies änderte sich, als Takanashi Minoru von Bandai Visual ihn darauf hinwies, dass dies nun «verjährt» sei. Daraufhin entwickelte Kawamori gleichzeitig zwei Projekte mit gegensätzlichen Stilen – «Macross 7» und «Macross Plus» – und da beide genehmigt wurden, wurde die parallele Produktion realisiert.
Im Hintergrund dieser Produktion lag der Widerstand gegen die 1992 veröffentlichte OVA «Super Dimension Fortress Macross II», die ohne die Beteiligung des Studios Nue produziert worden war. Der Spezialseffekt-Direktor Itano Ichiro sagte dazu: «Ohne «II» hätten wir dieses Werk nicht gemacht».
Regisseur Watanabe Shin'ichiro war dies sein Regiedebüt. Da Watanabe ursprünglich Live-Action-Film anstrebte und in praktischen Dreharbeiten unerfahren war, wurde er als Unterstützung für den ebenfalls unerfahrenen Kawamori eingesetzt. In der Tat war Kawamori de facto Regisseur und Watanabe praktisch Co-Regisseur.
Ishizuka Unsho, der die Rolle von Guld sprach, wurde nicht nach Audition besetzt, sondern von Kawamori Shoji «rein aus der Coolness der Stimme» direkt engagiert. Nachdem Watanabe Shin'ichiro Ishizukas Schauspiel hörte, änderte sich seine Sichtweise auf die Schauspielleistung von Synchronsprechern.
Um Realismus in den Luftkampfszenen zu erreichen, recherchierte das Produktionsteam bei der Edwards Air Force Base und dem Dryden Flight Research Center in Amerika. Kawamori Shoji und Itano Ichiro fuhren mit «Air Combat USA» in NATO-Trainingsflugzeugen und führten simulierte Luftkämpfe durch, deren Erfahrungen sie in die Animationen einflossen ließen. Dabei erlebte Itano selbst extremen G-Druck und verlor dabei das Bewusstsein.
Itano Ichiro orientierte sich an den Funksprüchen von Testpiloten der Luftwaffe und überlegte, dass man im echten Gefecht nicht sauber sprechen könne. Daher ließ er die Synchronsprecher auf der Achterbahn im Yomiuriland-Vergnügungspark fahren und ließ sie ihre Dialogzeilen unter G-Druck sprechen.
Die intensive Arbeit an diesem Werk führte dazu, dass Itano Ichiro Gürtelrose bekam und sich damit übernahm. Dies war der Wendepunkt, an dem er die Grenzen von handgezeichneten Arbeiten erkannte und sich zunehmend auf CGI-basierte Arbeiten verlagerte.
In der Kinofassung «Movie Edition» wurden für die Szene, in der die YF-21 alle Raketen des Ghost X-9 ausweicht, 116 Zelluloidframes in nur 5 Sekunden verwendet – aufgrund der hohen Qualität wird diese Szene als die «legendären 5 Sekunden» bezeichnet.
Kawamori Shoji war der erste, der CGI in Anime einführte – dies geschah in diesem Werk. Er war beeindruckt, als er in dem amerikanischen Produktionsunternehmen Colossus sah, wie viele Mitarbeiter mit digitaler Bemalung Finishing-Arbeiten durchführten, und noch mehr schockiert ihn, dass dies kostengünstig geschah.
Die Gehirnwellenwellen des in Episode 1 auftretenden Guld wurden mit echten Gehirnwellendaten von Sayama Yoshinori, dem für CGI zuständigen Mitarbeiter, aufgezeichnet – auf einem Macintosh.
Kanno Yoko, die die Musik komponierte, übernahm in diesem Werk erstmals eigenständig das Soundtrack-Scoring für einen Anime und schrieb zum ersten Mal ein Orchesterpartitur. Die Stücke wurden mit dem Israel Philharmonic Orchestra in Tel Aviv aufgenommen.
Kanno Yoko sagte über die Musik von Sharon Apple, dass sie diese «wirklich mit der Absicht der Gehirnwäsche» komponiert habe. Jahre später erhielt sie Kommentare wie «Ich bin nach dieser Musik in die Luftwaffe eingetreten» und «Ich habe an Selbstmord gedacht, als ich Sharons Musik hörte», wodurch sie die Gefahr der Musikbeeinflussung zu spüren bekam.
Der Regisseur Watanabe Shin'ichiro, die Drehbuchautorin Nobumoto Keiko und die Komponistin Kanno Yoko, die sich bei diesem Werk trafen, kamen später beim Fernseh-Anime «Cowboy Bebop» erneut zusammen.
Das Design der YF-21 war von der YF-23 inspiriert, die an dem Wettbewerb um das Entwicklungsprogramm für das nächste Kampfflugzeug der US Air Force (ATF) teilnahm. Der «Super Nova Plan» im Film selbst bezieht sich auf diesen realen Entwicklungswettbewerb.
Im Film erscheint das Albumcover von «Selected Ambient Works 85-92» von Aphex Twin, das zu dieser Zeit noch wenig bekannt war in Japan. Der Designer dieses Logos, Paul Nicholson, entwarf später das «Laughing Man»-Zeichen für «Ghost in the Shell: Stand Alone Complex».
