La aventura empieza de forma explosiva con el debut de Mewtwo, un Pokémon de bioingeniería creado con el ADN de Mew, uno de los Pokémon más especiales que existen. Después de escaparse del laboratorio en el que fue creado, Mewtwo está decidido a probar su superioridad, así que reúne a un selecto número de Entrenadores para que participen en un combate Pokémon como nunca antes se había visto. Y, por supuesto, ¡Ash y sus amigos están encantados de aceptar el reto! El entusiasmo de Ash se convierte en miedo y enfado cuando Mewtwo revela su plan de dominación, creando poderosos clones de todos los Pokémon de nuestros héroes para igualar el “desequilibrio” entre los Pokémon y sus Entrenadores. A pesar de las protestas de Ash, Mewtwo se niega a creer que Pokémon y humanos puedan ser amigos. Teniendo que enfrentarse a la determinación y lealtad de un joven Entrenador, Mewtwo tendrá que reconsiderarlo todo, ¡especialmente cuando se enfrente al poder del misterioso Mew!"