En junio de 2002, con el estreno de la primera película, el presidente de Warner Bros. Pictures ya confirmó que se estaba preparando una secuela para 2004. Según reveló el guionista James Gunn en 2024, con motivo del 20 aniversario del filme, el título original de la secuela iba a ser 'Scooby-Doo Unleashed'.

En marzo de 2003 se anunció que Freddie Prinze Jr., Sarah Michelle Gellar, Neil Fanning, Matthew Lillard y Linda Cardellini repetirían sus papeles, y el rodaje comenzó el 14 de abril de 2003 en Vancouver, con Seth Green y Alicia Silverstone incorporándose al reparto.

J. P. Manoux, quien pone voz a Scooby cuando adquiere temporalmente una inteligencia elevada gracias a un suero, ya había prestado su voz a la forma monstruosa de Scrappy-Doo en la primera película.

Warner Bros. firmó acuerdos de promoción y colocación de producto con Burger King para Estados Unidos y con KFC para los estrenos internacionales, por lo que en las versiones internacionales los productos de Burger King fueron sustituidos por los de KFC, incluyendo el redoblaje de una línea de Shaggy a cargo de James Arnold Taylor.

La película recaudó 181,5 millones de dólares en todo el mundo, más de 90 millones menos que los 275,7 millones que había logrado la primera entrega dos años antes, a pesar de debutar en el número uno de la taquilla estadounidense.

A pesar de recibir críticas mayoritariamente negativas (22% en Rotten Tomatoes y 34/100 en Metacritic), el público encuestado por CinemaScore le otorgó una nota media de 'A-', una mejora respecto a la 'B+' obtenida por la primera película.

La cinta ganó el Premio Razzie a la Peor Nueva Versión o Secuela.

En octubre de 2002 Warner Bros. ya había aprobado una tercera película, y Dan Forman y Paul Foley fueron contratados para escribir el guion; sin embargo, el proyecto fue cancelado tras los resultados financieros inferiores a lo esperado de la segunda entrega.

James Gunn iba a escribir y dirigir la tercera película cancelada, y en 2020 reveló en Twitter que su trama trataría sobre la pandilla de Mystery Inc. siendo contratada por un pueblo de Escocia, donde descubrirían que los supuestos monstruos eran en realidad las víctimas, obligando a Scooby y Shaggy a enfrentar sus propios prejuicios.