Tras el estreno de Jurassic Park en 1993, Joe Johnston, amigo de Steven Spielberg, mostró interés en dirigir una posible tercera película, y Spielberg accedió a que Johnston se hiciera cargo de esa futura entrega.
La escena del Tyrannosaurus arrasando San Diego en El mundo perdido: Jurassic Park estaba originalmente pensada para la tercera película, pero Spielberg decidió usarla en la segunda al asumir que no dirigiría otra entrega de la saga.
Un borrador temprano de Spielberg planteaba que Alan Grant había estado viviendo escondido como un Robinson Crusoe en una de las islas de InGen, idea que Johnston descartó por no ser creíble.
El primer guion, escrito por Craig Rosenberg, trataba sobre adolescentes varados en Isla Sorna e incluía una secuencia con el reptil acuático Kronosaurio y una persecución en motocicletas contra velociraptores, escenas que finalmente fueron descartadas.
El título 'Jurassic Park: Extinction' se consideró en un principio, inspirado en el final de un borrador de Peter Buchman donde Grant se negaba a abandonar la isla, pero se descartó por sugerir un final definitivo para la franquicia.
Solo cinco semanas antes de comenzar el rodaje, Johnston y Spielberg rechazaron por completo el guion de Peter Buchman en favor de una trama más simple de 'misión de rescate' sugerida por David Koepp, guionista de las dos primeras películas, pese a que ya se habían gastado 18 millones de dólares en esa versión.
Alexander Payne y Jim Taylor fueron contratados para reescribir el guion tras impresionar a Universal con su trabajo en Los padres de ella, aunque no eran grandes fans de la franquicia Jurassic Park.
Sam Neill rechazó un papel en El Señor de los Anillos: La Comunidad del Anillo de Peter Jackson para poder repetir su papel de Alan Grant en esta película.
William H. Macy rechazó inicialmente su papel por conflictos de agenda, retrasando el rodaje un mes, hasta que Laura Dern, con quien trabajaba en la película Focus, lo convenció de aceptar.
El papel de Ellie Sattler, interpretado por Laura Dern, no aparecía en el guion previo de la película; Payne y Taylor lo incluyeron especialmente para ella, y Spielberg sugirió que tuviera un papel importante en el rescate final para convencerla de aceptar solo una aparición breve.
Nunca se completó un guion final durante el rodaje: el primer acto estaba listo, pero la parte central estaba incompleta y el final aún no se había escrito, lo que llevó a Johnston a plantearse abandonar el proyecto varias veces.
William H. Macy criticó el rodaje por su lentitud, señalando que algunos días solo se filmaba un octavo de página de guion en una jornada completa de 12 horas, y bromeó sobre que nadie sabía quién sería despedido por lanzar una producción de 100 millones de dólares sin guion terminado.
Pese a ser productor ejecutivo, Spielberg nunca apareció en el set, aunque siempre había una silla con su nombre presente, lo que llevó a Macy a bromear diciendo 'no sabes si es una amenaza o una promesa'.
Los actores sufrieron golpes reales durante el rodaje; Téa Leoni comentó que se usaba más maquillaje para cubrir sus moretones auténticos que para crear falsos.
El actor Alessandro Nivola criticó la película en una entrevista de 2002, afirmando que fue el único papel de su carrera del que no encontró nada a lo que aferrarse a nivel de personaje.
El rodaje comenzó en Hawái en agosto de 2000 y se trasladó después a California, incluyendo un set de selva construido en el backlot de Universal Studios que tardó dos meses en crearse y que Johnston confundió con las locaciones reales de Hawái.
Para la escena del ataque del Spinosaurus al avión, el equipo de efectos construyó cuatro maquetas de avión y un mecanismo hidráulico de 100 caballos de fuerza disfrazado de árbol para sacudir y volcar la aeronave.
El animatrónico del Spinosaurus medía 13 metros de largo y pesaba 13 toneladas, siendo más rápido y poderoso que el del Tyrannosaurus de 9 toneladas; su fuerza era tal que durante el rodaje de la pelea entre ambos dinosaurios llegó a arrancarle la cabeza al animatrónico del T. rex.
La escena en que aparece el teléfono satelital dentro de excremento de Spinosaurus se filmó usando 950 litros de avena como sustituto.
El paleontólogo Jack Horner convenció a los realizadores de reemplazar al T. rex por el Spinosaurus como principal antagonista, ya que consideraba que el T. rex era más carroñero mientras que el Spinosaurus era un verdadero depredador.
Debido a nuevos descubrimientos paleontológicos, se añadieron estructuras similares a plumas en la cabeza y cuello de los velociraptores machos, lo que después fue criticado por el paleontólogo Robert T. Bakker, quien dijo que parecían 'el peluquín de un correcaminos'.
John Williams, compositor de las dos primeras películas, estaba ocupado con la música de A.I. Inteligencia Artificial y recomendó a Don Davis para componer la banda sonora de esta entrega, integrando temas originales de Williams junto con nuevos, como uno para el Spinosaurus basado en sonidos graves de tubas y timbales.
Las escenas del aviario de pterosaurios y del ataque de un T. rex a una balsa en el río, presentes en la novela original de 1990, no se incluyeron en la primera adaptación cinematográfica pero sí se incorporaron finalmente en esta tercera película.
Para promocionar el lanzamiento en video doméstico, Universal se asoció con la compañía Hop-On para ofrecer 'el primer teléfono celular desechable del mundo', promoción que fue cancelada porque los aparatos no pudieron terminarse a tiempo, revelándose además que los modelos de muestra eran en realidad teléfonos Nokia modificados.
Con una recaudación mundial de 368,8 millones de dólares, la película fue un éxito de taquilla y la octava más taquillera de 2001, pero terminó siendo la entrega con menor recaudación de toda la franquicia.
