El colectivo de artistas Be-papas, creado por Kunihiko Ikuhara tras trabajar en 'Sailor Moon', significa 'convertirse en adulto' y buscaba que el equipo de animación fuera reconocido como autor, algo poco habitual en la época.

El proyecto surgió en torno a 1993-1994 como un OVA pensado para un público más adulto, en el que la protagonista se llamaba Utena y el enemigo 'El Fin del Mundo'; Ikuhara solía usar esta última expresión como sinónimo de desesperación.

Antes de convertirse en serie de TV, el proyecto se llamaba 'Shōjo Kakumei Utena Kiss' y la premisa era que la protagonista se transformaba en una bella chica vestida de chico al besar a alguien; estaba pensado como anime infantil patrocinado por una fabricante de juguetes.

Ikuhara quería que Utena y Anthy tuvieran una relación íntima desde el principio, pero la dibujante Chiho Saitō se opuso con firmeza por considerar que no era lo que el público de shōjo esperaría, y el disgusto provocó que Ikuhara sufriera una gastroenteritis aguda.

El guionista Yōji Enokido reveló que el personaje de Utena Tenjō está inspirado en la propia Chiho Saitō, buscando reflejar una elevada calidad humana y sexualidad opuesta a la moralidad barata.

En una mesa redonda posterior a la emisión, Saitō confesó que la influencia de Be-papas hizo que cambiara su punto de vista y llegara a aceptar positivamente los elementos homosexuales de la obra.

La icónica puesta en escena de la sala del consejo estudiantil, con transformaciones surrealistas como convertir una manzana en un conejo, surgió de una idea espontánea del director de episodio Hiroshi Nishikiori en el capítulo 5, quien también fue el primero en mostrar el torso desnudo de Tōga Kiryū, iniciando una escalada de escenas de este tipo entre el resto del equipo.

Las siluetas de las 'chicas de sombras' que narran las historias dentro de la historia fueron una idea original del responsable de la composición de la serie, Yōji Enokido, y no del propio director Ikuhara.

El director artístico Shichirō Kobayashi, veterano de 64 años al iniciar la emisión, señaló que Ikuhara le pedía dibujar arcos arquitectónicos dejando un cielo completamente blanco en vez de edificios detrás, una libertad de composición que le recordó a su experiencia con Osamu Dezaki y que consideró un estímulo creativo inesperado.

Los coros como 'Zettai Unmei Mokushiroku' fueron compuestos por J.A. Seazer, quien anteriormente trabajaba con la compañía teatral vanguardista Tenjō Sajiki de Shūji Terayama, aportando un aire underground muy característico a la ambientación de la serie.

La serie contiene frases que recuerdan a la película 'Tenshi no Tamago' (El huevo del ángel) de Mamoru Oshii, siendo especialmente notable esta influencia en el episodio 27, 'El huevo de Nanami'.

La serie ganó el premio a la mejor obra de televisión en la segunda edición de Animation Kobe.

Para la película 'Adolescence Mokushiroku', el diseñador de personajes Shin'ya Hasegawa propuso una estructura de producción tipo antología, con distintos directores de animación encargados de partes concretas, en lugar del sistema habitual de un supervisor único, ya que consideraba imposible que una sola persona controlara todos los detalles en el plazo disponible.

El manga de Chiho Saitō, publicado en la revista Ciao desde antes del estreno del anime, no se considera la obra original sino una adaptación paralela, apareciendo siempre acreditado como 'obra original de Be-papas'.