El proyecto comenzó alrededor de 1996; un proyecto de revista de manga/texto, anime y videojuego se desarrollaron simultáneamente pero interconectados, y se publicaron en paralelo en 1998.

Inicialmente la romanización del nombre del personaje principal era incierta; se consideraron las opciones 'lain' y 'rain', el diseñador de personajes Yoshitoshi ABe dibujó bocetos de prueba para ambos nombres y finalmente alrededor de marzo de 1997 se decidió por el nombre 'lain'.

El director Ueda vio los garabatos publicados en el sitio web personal de ABe y se puso en contacto con él; ABe dijo que inicialmente describió la propuesta como 'sospechosa' y una 'locura como una apuesta', y que tuvo miedo.

En las versiones de videojuego y anime, los personajes e historia son en gran medida diferentes entre sí, excepto por la existencia de 'lain' y sus tendencias destructivas; incluso hay diferencias en la apariencia del personaje principal.

La serie fue realizada en una época en la que los medios digitales aún no habían penetrado completamente en la animación televisiva; debido a las restricciones presupuestarias, los efectos digitales se produjeron utilizando computadoras PC y Mac estándar vendidas en el mercado, no se utilizaron estaciones de trabajo SGI profesionales.

Los datos digitales producidos se comprimieron en discos duros de 2GB (posteriormente ampliados a 4GB), se transportaron al estudio y se combinaron con las imágenes de película obtenidas al convertir fotogramas de animación cel a película; este método de mezcla de película analógica y efectos digitales se abandonó posteriormente y le dio a la serie una textura única.

Los efectos digitales producidos en 1998 solo podían grabarse como video de definición estándar y algunos materiales fueron descartados porque no se podían almacenar en esa época; durante el proceso de remasterización en 2010, los materiales restantes se convirtieron a alta resolución y se grabaron en cintas LTO.

Los dispositivos NAVI que aparecen en la historia se basan en computadoras reales; el Psyche Processor que adquiere Lain se inspiró en el Overdrive Processor, una pieza de computadora real vendida en los años 90, y el iMac original que aparece en la segunda mitad de la serie era un modelo real lanzado poco antes del comienzo de la emisión.

El anime ganó el Premio de Excelencia en la División de Animación del 2.º Festival de Medios Artísticos de la Agencia Cultural en 1998; sin embargo, la versión de videojuego no atrajo mucho interés en su lanzamiento, fue criticada por mecánicas de juego incompletas, interfaz engorrosa, diálogos largos, poca música y tiempos de carga muy largos, aunque los gráficos CG avanzados para su época y el hermoso arte de fondo fueron apreciados.

En 2008, los fans comenzaron un proyecto para traducir el guión del videojuego al inglés y la traducción se publicó como PDF en 2014; con el lanzamiento de 'lainTSX', un puerto no oficial basado en WebGL para navegadores en 2021, surgió una nueva ola de reevaluación del videojuego.