El proyecto de animación se puso en marcha realmente cuando se liberó un hueco en la franja horaria de las 19:30, tras la serie previa 'Magic Knight Rayearth', producida por el mismo equipo de Yomiuri TV.

El productor Michihiko Suwa eligió a Kenji Kodama como director porque sabía que era aficionado a las historias de misterio, y junto a Kodama y Masahito Yoshioka pasaron ocho meses discutiendo todos los detalles antes del estreno.

Los creadores buscaban que la serie transmitiera la misma sensación de rutina y confort que 'Sazae-san', creando un formato reconocible desde cualquier episodio, como un 'taiyaki con relleno de anko hasta la cola', lo que dio origen a elementos fijos como la narración de apertura o el segmento 'Next Conan's HINT'.

Para la banda sonora, el productor musical contactó directamente a Yasunori Ogura, compositor de la serie policíaca 'Taiyō ni Hoero!', pidiéndole que creara un 'drama de misterio' que también pudiera disfrutar el público adulto, en lugar de simplemente 'música de anime'.

Minami Takayama fue elegida para la voz de Conan Edogawa porque el equipo ya la asociaba con el papel del protagonista Yaiba en la obra anterior de Gōshō Aoyama, y de hecho ya interpretaba a Conan en un anuncio televisivo emitido un año antes del estreno de la serie.

Para el papel de Ran Mouri se realizó una audición en la que también participó Wakana Yamazaki, quien ya había sido elegida sin audición para el anuncio previo; finalmente Yamazaki fue seleccionada por unanimidad gracias a su interpretación.

Akira Kamiya fue elegido para Kogoro Mouri directamente por el productor Suwa, quien recordó que los programas en los que había trabajado con Kamiya ('City Hunter', 'Yawara!') tuvieron larga duración; su sucesor Rikiya Koyama fue elegido mediante audición con acuerdo unánime de productores y del propio Aoyama.

Entre 1999 y 2001 el índice de audiencia anual superó el 20%, lo que llevó a que se erigiera una estatua de Conan en la sede de Yomiuri TV, algo que el productor Suwa describió como posiblemente el único caso de una estatua de un personaje en una cadena de televisión privada japonesa.

La franja donde emitía la serie los lunes por la noche coincidía entre 1997 y 2000 con la emisión previa de 'El Caso Kindaichi', publicitada como la 'hora del misterio de los lunes a las 7', y lejos de perjudicarse mutuamente, ambas series lograron un efecto sinérgico que triplicó su audiencia según el productor.

Desde el inicio de la emisión se decidió representar la sangre de las escenas del crimen en color negro en lugar de rojo, y evitar mostrar con detalle rostros de cadáveres quemados o ahorcados, para no herir la sensibilidad del público familiar.

Los avances del próximo episodio se editaban a partir de tomas seleccionadas del guion gráfico del capítulo siguiente, un proceso tan laborioso en la época de las celdas de animación que el propio director Kodama llegó a preguntar al productor Suwa si de verdad era necesario hacerlo.