Según Genndy Tartakovsky, Lucasfilm concibió la serie como una forma de vender más figuras de acción, ya que los muñecos de la trilogía precuela se vendían por debajo de las expectativas.

La serie fue desarrollada en solo dos semanas por un pequeño equipo, algo que Tartakovsky describió como estresante porque debía traducir un universo que amaba desde niño en algo completamente distinto.

Originalmente George Lucas quería que cada episodio durara solo un minuto, pero Tartakovsky se resistió porque eso equivalía a hacer un 'comercial'; finalmente lograron convencerlo de ampliarlo a 3-5 minutos cuando supo que él y su hijo eran fans de Samurai Jack, en el que había trabajado Tartakovsky.

Tartakovsky animó deliberadamente a C-3PO con ojos expresivos y móviles como homenaje a sus apariciones animadas en el Star Wars Holiday Special y en la serie Droids.

El nombre del planeta Nelvaan es un guiño a Nelvana, la productora que realizó todas las series animadas anteriores de Star Wars, y en el Capítulo 21 aparece un Dulok, especie introducida originalmente en la serie Ewoks.

El personaje Sha'a Gi, uno de los maestros Jedi que enfrenta a Grievous en Hypori, es una clara referencia en nombre y aspecto físico al personaje Shaggy de Scooby-Doo.

Según el director de arte Paul Rudish, el planeta del Clan Bancario, Muunilinst, fue diseñado deliberadamente para parecerse a un billete de un dólar estadounidense.

Aunque la serie se animó mayoritariamente en 2D digital, el movimiento de las naves espaciales se realizó mediante animación 3D con cel-shading.

George Lucas presentó inicialmente a Genndy Tartakovsky y su equipo al General Grievous como 'un despiadado y totalmente capaz asesino de Jedi', pero luego lo desarrolló hacia un villano más caricaturesco al estilo de los viejos seriales clase B.

Al personaje de Grievous se le añadió una tos característica en La venganza de los Sith para enfatizar su naturaleza orgánica y las fallas de sus prótesis cibernéticas; en Clone Wars esa tos no aparece hasta el episodio final, cuando Mace Windu aplasta con la Fuerza la coraza que protege sus órganos internos, buscando crear continuidad con la película.

La serie ganó el Primetime Emmy al mejor programa animado tanto por el Volumen Uno como por el Volumen Dos, y en 2009 fue clasificada en el puesto 21 de la lista de las 100 mejores series animadas de IGN.

El lanzamiento en DVD del Volumen Dos se retrasó considerablemente respecto al estreno de La venganza de los Sith debido a un calendario de producción extremadamente corto y ocupado, lo que llevó al productor Van Ling a disculparse públicamente en nombre del equipo.