La serie se rodó en localizaciones reales, incluyendo los exteriores del propio internado ficticio, que corresponden al Campus de Ciencias de la Vida en la Berzosa de la Universidad Nebrija, situado en Hoyo de Manzanares (Madrid). Ese entorno natural influyó mucho en la atmósfera misteriosa y gótica de la serie.

El personaje de María, interpretado por Marta Torné, iba a ser originalmente solo un papel secundario, pero su popularidad creció tanto entre el público que su rol se amplió considerablemente a lo largo de las temporadas.

Los nombres de varios personajes esconden significados curiosos; por ejemplo, el apellido de Héctor de la Vega podría hacer referencia a un lugar ligado a lo oculto y lo misterioso, como guiño al tono constante de intriga de la serie.

El transcurso de los años dentro de la trama resultó complicado de gestionar porque los actores crecían físicamente muy rápido en la vida real, lo que obligó a adaptar el guion a esos cambios a lo largo de las temporadas.

En abril de 2013 la serie fue incluida en un ranking de The WIT sobre los mejores formatos televisivos de los últimos 50 años, siendo la única producción española presente en esa lista hasta ese momento.

Aunque es una serie española, tuvo gran popularidad internacional en países como Italia, Francia y América Latina, llegando a compararse con series como Lost por su mezcla de drama, misterio y thriller.

En Serbia la serie fue extremadamente popular incluso antes de su estreno oficial en televisión, ya que muchos espectadores la siguieron por Internet, lo que generó revistas y clubes de fans dedicados a ella años antes de su emisión nacional.

El formato dio lugar a un videojuego para Nintendo DS desarrollado por Virgin PLAY, basado en las cuatro primeras temporadas y lanzado en primavera de 2009, siendo el primer videojuego basado en una serie española de televisión.

Los secretos relacionados con experimentos científicos dentro del internado que se presentan en la trama están inspirados en diversas teorías conspirativas sobre la manipulación en instituciones educativas y científicas.

Se hizo una adaptación francesa titulada L'Internat para la cadena M6, ambientada en un colegio situado en un bosque del departamento de l'Essonne, pero terminó con resultados por debajo de las expectativas y no continuó.