La serie es un reboot de El Internado, la exitosa serie emitida en Antena 3 entre 2007 y 2010, y fue anunciada en diciembre de 2019 bajo el título El internado: Laguna Negra.

Laura Belloso y Asier Andueza, creadores de este reboot, ya habían participado en la serie original como co-creadora y guionista respectivamente.

Los primeros actores confirmados en enero de 2020 fueron Asia Ortega, Albert Salazar y Daniel Arias para el elenco adolescente, junto a Natalia Dicenta y Ramiro Blas para el elenco adulto.

Para la segunda temporada se incorporaron nuevos fichajes como Irene Anula, Alberto Berzal, Annick Weerts, Nicolas Cazalé y Clara Galle, además de Asier Hernández, quien ya había aparecido brevemente en los episodios 7 y 8 de la primera temporada.

El rodaje comenzó en Navarra el 3 de marzo de 2020, utilizando como localización principal el Monasterio de Santa María la Real de Irache, en Ayegui.

Otras localizaciones del rodaje incluyeron el Palacio del Infantado de Lazkao, el Fuerte de Nuestra Señora de Guadalupe en Fuenterrabía, la iglesia de San Esteban de Oyarzun, el bosque de Artikutza, el Palacio de Miramar de San Sebastián, así como Usurbil, Ergoien, Bilbao, Anglet y platós del complejo Zinealdea en Oiartzun.

El tema de los créditos finales, titulado 'Corre', está interpretado por Natalia Lacunza.

El periodista Álvaro Cueva de Milenio describió la serie como poseedora de 'toda la grandeza de El Internado original, pero con las posibilidades editoriales y técnicas actuales'.