Le réalisateur Hiroyuki Okiura a mis environ sept ans à réaliser ce film, son deuxième long métrage en tant que réalisateur douze ans après Jin-Roh, et son premier film original.

L'idée du film est née d'un projet précédent qui était tombé à l'eau début 2004 : Okiura a alors proposé au président de Production I.G, Mitsuhisa Ishikawa, une histoire de « fille et yôkai », qui a immédiatement suscité l'enthousiasme de ce dernier.

Le concept du film s'inspire du film culte soviétique Kin-dza-dza!, qui racontait la rencontre entre un terrien et un extraterrestre ; Okiura a transposé cette idée de rencontre entre êtres qui ne se comprennent pas en une histoire entre une fillette et des yôkai.

L'idée d'intégrer des yôkai est venue d'un livre ancien (kibyōshi) qu'Okiura avait trouvé par hasard dans une librairie et qu'il avait trouvé amusant ; à l'origine le projet devait être une comédie plus franchement gag, mais l'humour a finalement été atténué.

Le choix de situer l'histoire sur une île de la mer intérieure de Seto était décidé dès le premier document de présentation du projet ; Okiura, originaire d'Osaka mais dont les racines familiales se trouvent à Tomonoura (Hiroshima), voulait un cadre qui lui soit personnellement lié. Le choix précis de l'île d'Ōsakishimo lui a été suggéré par son oncle, ethnologue.

Le scénario a d'abord été confié à d'autres scénaristes avant qu'Okiura ne finisse par l'écrire lui-même ; la version finale du script a été achevée en 2006, après un repérage effectué en 2004.

Le storyboard a d'abord été dessiné dans l'ordre de manière classique, mais devant le risque de ne pas tenir les délais, l'équipe a fini par en dessiner une version brute jusqu'à la fin puis a mené en parallèle la production de l'épisode final et la mise au propre du storyboard.

Des repérages ont été menés à plusieurs reprises en mars et août 2006 dans la région de la mer intérieure de Seto pour la conception des décors, la période d'animation proprement dite s'étalant ensuite sur quatre ans, de février 2007 à début mars 2011.

Le character design a d'abord été esquissé par Okiura lui-même pour les personnages principaux avant l'arrivée de Masashi Andō (connu pour Princesse Mononoké, Le Voyage de Chihiro et Suzume), qui a ensuite finalisé les designs en dialogue constant avec le réalisateur.

Le film a reçu de nombreuses récompenses internationales, dont le grand prix du long métrage au 16e Festival international du film pour enfants de New York (une première pour un film japonais), le prix Platinum Grand Prize au Future Film Festival de Rome, ainsi que le prix du public au Festival Fantasia, et a été présenté dans plusieurs grands festivals comme Toronto, Busan ou Sitges.

Le film a fait l'objet d'une campagne promotionnelle originale intitulée « lettre d'un père à sa fille », invitant les spectateurs à écrire une lettre à un proche ; cette opération s'est déroulée dans la préfecture d'Hiroshima, où le gouverneur Hidehiko Yuzaki a participé en tant que membre du jury.