Kevin Smith a commencé à noter des idées pour un projet intitulé « God » avant même d'écrire Clerks ; le titre a ensuite été changé en « Dogma » car il jugeait le premier nom inapproprié.
Le premier jet du scénario, achevé en août 1994, faisait de Bethany une strip-teaseuse rencontrant Jay et Silent Bob dans une cabine de peep-show, et se terminait par la destruction de l'église par une explosion ; ces éléments ont ensuite été abandonnés.
Selon la version française, Kevin Smith ne voulait pas initialement réaliser le film lui-même et avait proposé le projet à Robert Rodriguez, qui a jugé le script trop personnel et a insisté pour que Smith le réalise.
Jason Lee était initialement pressenti pour le rôle de Loki, mais lorsque celui-ci a été confié à Matt Damon pour sa alchimie avec Ben Affleck (déjà vue dans Will Hunting), Lee a récupéré le rôle d'Azraël en raison de conflits d'emploi du temps avec le tournage de Mumford.
Le rôle d'Azraël a d'abord été proposé à Bill Murray, John Travolta et Adam Sandler, ce dernier ayant préféré tourner Big Daddy.
Emma Thompson devait initialement jouer Dieu mais a dû se retirer car elle était enceinte ; le rôle, écrit à l'origine pour Holly Hunter qui l'avait refusé, a finalement été confié à la chanteuse Alanis Morissette.
Gillian Anderson, dont Kevin Smith était fan à cause de X-Files, a refusé le rôle de Bethany ; Smith a entendu dire qu'elle avait détesté le projet.
Kevin Smith envisageait Samuel L. Jackson (et selon la version française aussi Will Smith) pour incarner Rufus, mais a finalement engagé Chris Rock après l'avoir rencontré.
Albert Brooks a refusé le rôle du cardinal Glick, qui a finalement été confié à George Carlin, alors même que Carlin affichait publiquement son athéisme.
George Carlin, qui venait de perdre son épouse, portait toujours son alliance pendant le tournage, dissimulée sous un pansement.
Le tournage principal s'est déroulé de mars à juin 1998, essentiellement à Pittsburgh et ses environs en Pennsylvanie, ainsi qu'à Asbury Park, Red Bank et Highlands dans le New Jersey pour certaines scènes comme l'agression du sans-abri sur la promenade d'Asbury Park.
Kevin Smith a averti Jason Mewes qu'il devrait hausser son niveau de jeu face à des acteurs comme Alan Rickman ; en réponse, Mewes a mémorisé non seulement ses propres répliques mais l'intégralité du scénario pour ne pas décevoir « ce type, Rickman ».
Selon la version française, Linda Fiorentino, décrite comme taciturne sur le tournage, refusait parfois d'adresser la parole à Kevin Smith ; elle a également boudé la promotion du film car la taille de sa poitrine avait été augmentée sans son accord sur l'affiche.
Une scène coupée surnommée la « séquence Fat Albert » montrait Jay et Silent Bob désamorcer une confrontation dans le club de strip-tease en interprétant le thème musical de Fat Albert ; elle figurait dans la version projetée à Cannes mais a été retirée avant la sortie en salles car jugée trop longue et pas assez drôle.
Une autre scène supprimée devait montrer un affrontement final à l'hôpital entre Silent Bob, un triplet brûlé et à moitié décomposé, et le Golgothan, se terminant par la transformation de la créature en fleurs par Dieu ; elle a été coupée car les spectateurs tests jugeaient qu'il y avait « trop de Golgothan ».
Les costumes des anges déchus s'inspirent de la tenue des êtres célestes du film Les Ailes du désir de Wim Wenders, tandis que le nom de Bartleby rend hommage à la nouvelle Bartleby, the Scrivener d'Herman Melville.
La statue du « Buddy Christ » dévoilée par le cardinal Glick est devenue un objet culte de pop culture et un mème Internet, réutilisé par Kevin Smith dans d'autres productions du View Askewniverse.
La Ligue catholique américaine a qualifié le film de blasphématoire et des manifestations organisées ont retardé sa sortie dans plusieurs pays, entraînant au moins deux menaces de mort contre Kevin Smith, qui a lui-même assisté à l'une des manifestations en se faisant passer pour un opposant au film.
Longtemps invisible en streaming et non réédité en vidéo depuis 2008 car les droits appartenaient personnellement aux frères Weinstein, le film n'a pu être racheté par Kevin Smith qu'en 2024, après plusieurs offres refusées, dont une proposition de 5 millions de dollars déclinée par Bob Weinstein.
Peu avant l'éclatement du scandale Harvey Weinstein, ce dernier avait appelé Kevin Smith pour évoquer une éventuelle suite à Dogma, une démarche que Smith interprète après coup comme une tentative de Weinstein de vérifier qui restait encore de son côté avant les révélations publiques.
Matt Damon a brièvement repris son rôle de Loki dans Jay et Bob contre-attaquent... encore (2019), expliquant dans un monologue brisant le quatrième mur que Dieu l'avait banni en Méditerranée où il a perdu la mémoire, un clin d'œil à La Mémoire dans la peau où Damon incarne Jason Bourne.
En décembre 2025, Kevin Smith a révélé envisager Helen Mirren pour reprendre le rôle de Metatron dans une éventuelle suite, en remplacement d'Alan Rickman, décédé en 2016.
