Après le succès du premier film, les fans ont fait pression sur Michael Crichton pour qu'il écrive une suite, ce qu'il avait d'abord refusé avant d'accepter d'écrire le roman The Lost World, publié en 1995.

Pendant le tournage du premier film, Spielberg pensait déjà qu'une éventuelle suite pourrait tourner autour de la récupération d'un conteneur d'ADN de dinosaure perdu lors des événements du premier opus.

Le réalisateur Joe Johnston avait proposé de mettre en scène ce second film, mais c'est finalement Spielberg qui l'a réalisé ; Johnston réalisera plus tard Jurassic Park III (2001).

Le film comptait près de 1 500 storyboards, et au bout de trois mois de pré-production, les scènes déjà storyboardées représentaient l'équivalent d'un film de quatre heures, obligeant à faire des coupes.

Le scénariste David Koepp a reçu des lettres d'enfants donnant des conseils pour le scénario, dont une suggérant d'ajouter un Stégosaure, ce qu'il a fait, et une autre lui demandant de ne pas faire traîner le début du film avant l'arrivée sur l'île.

Le personnage de Robert Burke est inspiré du paléontologue Robert Bakker, partisan d'un T. rex prédateur agressif, tandis que Jack Horner, conseiller technique du film et défenseur d'une vision plus protectrice du T. rex, a demandé que Burke soit dévoré par le dinosaure pour clore le débat scientifique en sa faveur (ce qui a néanmoins réjoui Bakker).

Les personnages de Roland Tembo et Nick Van Owen doivent leurs noms de famille à la chanson «Roland the Headless Thompson Gunner» de Warren Zevon, l'une des chansons préférées de David Koepp.

Julianne Moore a été choisie pour incarner Sarah Harding après que Spielberg eut admiré sa performance dans Le Fugitif (1993) ; il a encouragé Koepp à écrire le rôle en pensant à elle.

Spielberg a rencontré la jeune actrice Vanessa Lee Chester lors de la première du film La Petite Princesse en 1995 et lui avait promis de la faire tourner dans un de ses films, promesse tenue en la choisissant pour incarner Kelly, la fille de Malcolm.

Vince Vaughn a été engagé sans avoir à passer d'audition, après que Spielberg eut vu et apprécié sa performance dans Swingers (1996).

L'acteur indien M. R. Gopakumar avait d'abord été choisi pour le rôle d'Ajay Sidhu, mais des problèmes de visa de travail l'ont empêché de participer, et le rôle est finalement allé à Harvey Jason.

Richard Schiff, qui incarne Eddie Carr, avait initialement auditionné pour la série télévisée High Incident produite par Spielberg ; ce dernier a ensuite envisagé de garder son personnage en vie tellement il l'appréciait, mais c'est Schiff lui-même qui a convaincu Spielberg de tuer son personnage pour maintenir le suspense sur le sort des autres protagonistes.

Spielberg refusait toute répétition avec les acteurs avant le tournage, préférant capturer leur réaction et leur diction la première fois qu'ils découvraient les dialogues.

Le tournage prévu en Nouvelle-Zélande a été abandonné pour raisons de coût au profit du comté de Humboldt en Californie, qui offrait des incitations financières intéressantes.

Le village InGen construit pour le film aux studios Universal, derrière la maison de Psychose, a été laissé intact après le tournage pour intégrer l'attraction Studio Tour.

Pendant une semaine de tournage aux studios Universal, Spielberg, absent pour raisons familiales, a supervisé le tournage à distance par vidéo satellite tandis que Koepp dirigeait la première équipe.

La scène où le bateau de Malcolm s'approche de l'île de Sorna a dû être improvisée à Kauai après que l'embarcation s'est échouée sur un banc de sable ; Koepp a dû réécrire et tourner la scène sur place après consultation téléphonique avec Spielberg.

La scène des raptors attaquant l'équipe dans les hautes herbes a été inspirée par des lectures de Koepp sur les jaguars d'Afrique du Sud chassant leurs proies dans la végétation haute ; une véritable prairie de plus de trois hectares a été cultivée des mois à l'avance pour permettre d'éventuelles reprises.

Pour la scène de la caravane suspendue à la falaise, une montagne entière a été construite au-dessus d'un parking de studio et la caravane a été suspendue à l'aide d'une grue de 95 tonnes.

Lors du tournage d'un plan en continu à l'intérieur de la caravane suspendue, la caméra perdait sans cesse la mise au point à cause d'interférences électroniques ; après 15 essais infructueux, l'équipe a dû installer un mécanisme de mise au point à distance pour réussir la prise.

Julianne Moore a jugé la scène où son personnage grimpe à la corde suspendue dans la caravane comme la plus difficile du film, tournée suspendue la tête en bas sous une pluie artificielle glaciale destinée à éviter la condensation sur l'objectif.

Faute de pouvoir tourner à San Diego, la séquence de l'attaque du T. rex en ville a finalement été filmée à Burbank, en Californie, l'équipe ayant réquisitionné cinq pâtés de maisons avec des barrières pour dissimuler le tournage aux passants.

Un clin d'œil à Godzilla a été ajouté par Spielberg et Koepp : un homme d'affaires japonais fuyant le T. rex s'écrie dans sa langue qu'il a « quitté Tokyo pour échapper à ça ».

Le scénariste David Koepp apparaît lui-même dans une scène où il est dévoré par le T. rex à San Diego, crédité au générique sous le nom d'« Unlucky Bastard ».

Contrairement au premier film qui reposait surtout sur les animatroniques de Stan Winston, cette suite fait un usage beaucoup plus important des effets numériques d'Industrial Light & Magic, avec 75 plans entièrement générés par ordinateur.

Certains animatroniques de dinosaures pesaient jusqu'à neuf tonnes et coûtaient un million de dollars chacun ; le robot du T. rex pouvait exercer une force de deux G en mouvement, suffisante pour tuer un être humain en cas de contact.

Le nom scientifique donné au Compsognathus dans le film, « Compsognathus triassicus », est en réalité fictif, résultant de la combinaison des noms Compsognathus longipes et Procompsognathus triassicus.

Le film a été accompagné d'une campagne marketing de 250 millions de dollars incluant jeux vidéo, bandes dessinées et jouets, et a rapporté 618,6 millions de dollars dans le monde, devenant le deuxième plus gros succès au box-office de 1997 derrière Titanic.

Spielberg lui-même a exprimé sa déception envers le film, déclarant s'en être progressivement désenchanté durant la production.