Joe Johnston s'est intéressé à réaliser une suite dès la sortie de Jurassic Park en 1993, et Spielberg a accepté qu'il réalise un éventuel troisième film pendant que lui-même restait producteur.
La scène du Tyrannosaure ravageant San Diego, initialement prévue pour un troisième film par Spielberg, a finalement été intégrée au deuxième film (Le Monde perdu) lorsque Spielberg a réalisé qu'il ne réaliserait probablement pas de troisième volet.
Une première version du scénario imaginée par Spielberg montrait Alan Grant ayant vécu clandestinement sur une île d'InGen comme un Robinson Crusoé, une idée que Johnston jugeait peu crédible et qui fut abandonnée.
Le scénariste Craig Rosenberg a écrit une première mouture impliquant des adolescents livrés à eux-mêmes sur l'île Sorna, avec une séquence mettant en scène un Kronosaurus et une course-poursuite à moto face à des raptors, éléments finalement abandonnés.
Le titre de travail « Jurassic Park: Extinction » a été envisagé puis écarté car jugé trop définitif pour la franchise ; d'autres titres comme « Jurassic Park: Breakout » ont aussi été considérés avant de simplifier en « Jurassic Park III ».
Environ cinq semaines avant le début du tournage, Johnston et Spielberg ont rejeté l'intégralité du scénario alors en préparation (écrit par Peter Buchman) après que David Koepp, scénariste des deux premiers films, leur ait suggéré une trame plus simple de mission de sauvetage, alors que 18 millions de dollars avaient déjà été dépensés sur la version abandonnée.
Sam Neill a refusé un rôle dans Le Seigneur des anneaux : La Communauté de l'anneau de Peter Jackson pour pouvoir reprendre son rôle d'Alan Grant.
William H. Macy avait d'abord refusé son rôle pour des raisons d'emploi du temps, retardant le tournage d'un mois, avant d'être convaincu par Laura Dern, avec qui il tournait Focus.
Laura Dern, hésitante à ne faire qu'un caméo, a accepté de reprendre le rôle d'Ellie Sattler après que Spielberg lui a suggéré que son personnage aurait un rôle important dans le sauvetage des protagonistes.
Le tournage a commencé sans scénario terminé : le premier acte était à peu près fixé, mais le milieu de l'histoire restait incomplet et la fin n'avait pas encore été écrite.
William H. Macy a critiqué pendant le tournage la lenteur du tournage et l'absence de scénario final, comparant le projet à un navire lancé sans gouvernail, tandis que Joe Johnston a envisagé plusieurs fois d'abandonner le projet qu'il qualifiait d'« enfer quotidien ».
Téa Leoni a expliqué que le maquillage servait davantage à camoufler les vraies bleus subis pendant le tournage physique qu'à créer de faux effets.
Les acteurs ont fait leurs propres cascades pour la scène d'attaque du Spinosaurus sur l'avion, Macy comparant l'expérience à se retrouver dans un sèche-linge ; des doublures n'ont été utilisées que pour un seul plan.
La scène où le téléphone satellite est retrouvé dans des excréments de Spinosaurus a été tournée avec 950 litres de flocons d'avoine.
Le Spinosaurus animatronique mesurait 13 mètres de long et pesait 13 tonnes ; l'équipe de Stan Winston a dû retirer un mur de son atelier de Van Nuys pour le faire sortir avant de le transporter par camion jussau plateau.
Lors du tournage du combat entre le Spinosaure et le Tyrannosaure, l'animatronique du Spinosaure s'est révélé si puissant qu'il a arraché la tête de l'animatronique du T. rex.
Les rugissements du Spinosaurus ont été créés en mélangeant des sons graves de lion et d'alligator, les pleurs d'un ourson et le cri prolongé d'un grand oiseau pour obtenir une tonalité rauque.
À la demande du paléontologue Jack Horner, les vélociraptors mâles arborent des sortes de plumes filiformes sur la tête et le cou, reflétant les découvertes scientifiques suggérant que ces dinosaures étaient emplumés.
John Williams, occupé par la musique d'A.I. Intelligence artificielle, a recommandé Don Davis pour composer la partition de Jurassic Park III, qui reprend certains thèmes originaux de Williams tout en ajoutant de nouveaux motifs, notamment pour le Spinosaurus.
Les scènes de la volière à ptérosaures et de l'attaque d'un T. rex sur un radeau, absentes de l'adaptation du premier film, proviennent du roman original de Michael Crichton et ont été intégrées dans Jurassic Park III.
Pour la sortie en vidéo du film, Universal s'est associé à la société Hop-On pour proposer « le premier téléphone portable jetable au monde », mais la promotion a été annulée car les appareils, en réalité des téléphones Nokia modifiés, n'ont pas pu être finalisés à temps.
Avec 92 minutes, Jurassic Park III est le film le plus court de la franchise, et il reste aussi le film le moins bien noté sur Metacritic parmi la trilogie originale.
