Après le succès de Shrek 2 en 2004, le PDG de DreamWorks Animation Jeffrey Katzenberg avait prévu une saga en cinq films débutant avec Shrek (2001), dont Shrek the Third devait constituer le troisième volet.

Contrairement aux deux premiers films, Andrew Adamson n'a pas réalisé ce troisième opus car il était occupé sur Le Monde de Narnia : Le Lion, la Sorcière blanche et l'Armoire magique ; il est resté producteur exécutif et donnait son avis environ tous les quatre mois sur l'avancement du film, la réalisation étant confiée à Chris Miller et Raman Hui.

Le film s'est d'abord appelé « Shrek 3 » puis a été renommé « Shrek the Third » en mars 2006, l'équipe voulant que le titre ait sa propre personnalité plutôt que de sonner comme une simple suite, tout en évoquant le thème royal de l'intronisation de Shrek.

Le film devait initialement sortir en novembre 2006, mais Katzenberg a repoussé la sortie à mai 2007 pour maximiser les profits, tandis que le film Flushed Away récupérait le créneau de novembre 2006 ; ce changement de date est intervenu le lendemain même où Disney/Pixar déplaçait la sortie de Cars.

La scène d'ouverture, où le prince Charmant chevauche un cheval en bois dont les bruits de sabots sont produits par deux noix de coco entrechoquées, est une référence directe à Monty Python : Sacré Graal !, film dans lequel John Cleese et Eric Idle jouaient déjà et utilisaient ce même gag pour pallier le manque de budget pour de vrais chevaux.

Cette reprise du gag des noix de coco a provoqué la colère d'Eric Idle, qui a quitté la première du film avant de se calmer et d'y retourner ; il a affirmé envisager de poursuivre les producteurs pour utilisation non autorisée de cette blague, tandis que ceux-ci affirmaient au contraire vouloir rendre hommage à Idle et Cleese.

Le film a rapporté 38 millions de dollars dès son premier jour d'exploitation, un record pour un film d'animation à l'époque, battu seulement trois ans plus tard par Toy Story 3 ; son week-end d'ouverture de 121,6 millions de dollars est resté le record du genre pendant neuf ans, jusqu'à ce que Le Monde de Dory le batte en 2016.

Shrek the Third détient la note la plus basse de toute la franchise sur Rotten Tomatoes (41%) et sur CinemaScore (B+), et il a été le seul film DreamWorks Animation à sortir sur le format HD DVD avant l'arrêt de sa production par Paramount.

L'équipe de comédie Tim and Eric d'Adult Swim, agacée par l'ampleur de la campagne publicitaire précédant la sortie du film, a lancé de façon indépendante une série de vidéos et d'apparitions télé/radio pour « promouvoir » ironiquement Shrek the Third.

Au Québec, la version diffusée en salles était le doublage français destiné à la France, truffé d'expressions peu compréhensibles pour les Québécois, ce qui a suscité une controverse ; un projet de loi visant à imposer un doublage québécois pour les films projetés au Québec a été proposé mais n'a pas été adopté par crainte d'un boycott de producteurs comme DreamWorks.