Disney développait à l'origine une suite intitulée 'Shards of Chaos', mais le projet fut abandonné après le succès mitigé d'Atlantide, l'empire perdu au box-office.

Le film est en réalité un assemblage de trois épisodes inutilisés (Kraken, Spirit of the West, Spear of Destiny) prévus pour une série télévisée jamais achevée appelée Team Atlantis, avec des animations supplémentaires ajoutées pour lier les histoires.

Michael J. Fox n'a pas repris son rôle de Milo, remplacé par James Arnold Taylor.

Steve Barr remplace Jim Varney dans le rôle de Cookie, l'acteur étant décédé avant la fin de la production du premier film.

Il s'agit du dernier film de Florence Stanley (Mme Packard/Mme Placard), décédée quelques mois après la fin de la production.

Le magazine Empire n'a attribué que 2 étoiles sur 5 au film, le qualifiant de 'suite sans âme' et critiquant des graphismes basiques, des histoires façon Scooby-Doo et des dialogues moralisateurs et monotones.

Selon James Arnold Taylor, la série Team Atlantis, si elle avait vu le jour, aurait dû compter 18 ou 24 épisodes, avec des légendes variées comme Puck, le monstre du Loch Ness ou les guerriers en terre cuite.

Un épisode non produit de Team Atlantis, intitulé 'The Last', devait faire intervenir le personnage de Demona issu de la série Gargoyles, avec Marina Sirtis reprenant son rôle vocal et Sheena Easton doublant le nouveau personnage Fiona Canmore ; des scripts et enregistrements vocaux de cet épisode ont été présentés lors des conventions The Gathering.