Le réalisateur italien Sergio Leone avait envisagé d'adapter Le Fantôme au cinéma et avait commencé à écrire un scénario et à repérer des lieux de tournage, avec l'intention d'enchaîner ensuite sur une adaptation de Mandrake le Magicien, projet qui ne vit jamais le jour.
Joe Dante était initialement attaché à la réalisation du film pour Paramount et avait développé un scénario avec Jeffrey Boam sur un ton parodique, avec un climax incluant un démon ailé ; le projet fut stoppé quelques semaines avant le tournage en Australie à cause du budget et de la présence de ce démon.
Lorsque le film fut remis en production un an plus tard sans le démon ailé, personne ne sembla remarquer que le scénario avait été écrit pour être comique, et il fut joué au premier degré, ce que Joe Dante qualifie de désastreux ; il resta crédité comme producteur exécutif faute d'avoir demandé à être retiré du générique.
Le tournage devait initialement se dérouler à Hawaï, ce qui aurait fait dépasser le budget de 10 millions de dollars ; le réalisateur Simon Wincer décida de tourner à New York, en Thaïlande et en Australie, réduisant ainsi le budget de 12 millions de dollars.
Billy Zane a obtenu le rôle du Fantôme face à Bruce Campbell et à l'acteur néo-zélandais Kevin Smith ; grand fan de la bande dessinée depuis le tournage de Dead Calm, il a passé plus d'un an et demi à se sculpter la musculature du personnage et a étudié le langage corporel du héros dans les planches originales.
Le tournage a débuté le 3 octobre 1995 à Greystone Park à Los Angeles, et l'extérieur du manoir des Palmer a été tourné dans la demeure de Hugh Hefner, propriétaire de Playboy et lui-même grand fan du Fantôme.
Pour recréer le New York de 1938, plus de cinquante voitures d'époque et quatre cents figurants en costumes d'époque ont été mobilisés sur les rues d'un backlot hollywoodien, tandis que le zoo de Los Angeles à Griffith Park a servi de décor pour une scène de poursuite censée se dérouler au zoo de Central Park.
La production a tourné sept semaines en Thaïlande, qui double le pays fictif de Bengalla, où un entrepôt désaffecté de la ville de Krabi fut transformé en plateau pour construire la Grotte du Crâne, repaire du Fantôme.
En Australie, sur les studios Village Roadshow du Gold Coast, la grotte des pirates Singh fut construite sur le plateau 5, constituant le plus grand décor intérieur jamais bâti dans le pays, tandis que l'intérieur de l'hôtel de ville de Brisbane fut redécoré pour ressembler à un musée new-yorkais.
Le dernier jour de tournage, l'équipe est retournée à Los Angeles pour filmer une scène où le Fantôme lutte contre un lion, séquence finalement coupée au montage final.
Les effets spéciaux du costume du Fantôme ont été réalisés par le Jim Henson's Creature Shop.
Le nom de la Confrérie Sengh a été modifié par rapport aux comics originaux, où elle s'appelait la Confrérie Singh, afin d'éviter d'offenser les personnes portant ce patronyme.
Le film s'inspire des deux premières histoires du Fantôme parues dans les journaux en 1936, « The Singh Brotherhood » et « The Sky Band », ainsi que de l'histoire « The Belt » où le Fantôme affronte le meurtrier de son père, bien que le nom de ce dernier ait été changé de Rama à Quill pour le film.
Pour la sortie du film, le Fantôme a été intégré à la célèbre campagne publicitaire américaine « Got Milk? », en référence au fait que le personnage boit du lait dans la bande dessinée originale.
Malgré un échec commercial en salles où le film n'a débuté qu'à la sixième place du box-office américain, The Phantom a connu un grand succès en VHS et DVD et a développé un statut culte, obtenant une note B+ auprès du public via CinemaScore.
Billy Zane s'était initialement engagé pour deux suites, qui ne furent jamais réalisées en raison des ventes décevantes de billets pour le premier film ; un projet de suite ou de reboot intitulé The Phantom: Legacy, avec Sam Worthington pressenti, fut envisagé en 2008 puis abandonné en 2014.
