La série est née d'un projet du studio Be-Papas, fondé par Kunihiko Ikuhara (issu de l'équipe de Sailor Moon) dont le nom signifie « devenir adulte » ; l'idée initiale, vers 1993-1994, était un OVA pour un public restreint où l'héroïne s'appelait déjà Utena et l'ennemi « les Confins du Monde ».

Le projet a d'abord été pensé comme une série pour enfants destinée à des sponsors de jouets, sous le titre provisoire « Shōjo Kakumei Utena Kiss », où l'héroïne se transformait en belle fille travestie après avoir embrassé quelqu'un.

Ikuhara voulait à l'origine rendre Utena et Anthy explicitement proches, mais la dessinatrice Chiho Saito, chargée du character design, s'y est fortement opposée par conviction d'auteure de shōjo manga ; le choc de ce refus aurait provoqué chez Ikuhara une gastro-entérite aiguë.

Après la diffusion, Chiho Saito a confié lors d'une table ronde que son contact avec l'équipe Be-Papas l'avait fait évoluer vers une vision plus positive de l'homosexualité dans la fiction.

Selon le scénariste Yōji Enokido, le personnage d'Utena Tenjō a été modelé sur Chiho Saito elle-même, et devait incarner une hauteur morale et une sexualité assumées, à l'opposé d'une morale bon marché.

Le projet a pris une ampleur plus importante après avoir été soumis au producteur Toshinori Ōtsuki de King Records, qui a donné son feu vert dès la lecture du dossier, entraînant d'importants remaniements avant la version finale.

Les célèbres filles-silhouettes en théâtre d'ombres, qui commentent l'action à la manière d'un chœur, sont une idée du scénariste Yōji Enokido et non du réalisateur Ikuhara.

C'est l'épisode 5, réalisé par Hiroshi Nishikiori, qui a lancé la mode des mises en scène excentriques dans la salle du conseil des élèves (comme la transformation d'une pomme en lapin) et le fait de dénuder le torse de Tōga ; cela a ensuite déclenché une véritable surenchère de dénudement des personnages entre les membres de l'équipe.

Le directeur artistique Shichirō Kobayashi, vétéran de 64 ans au début de la production, a été surpris par les consignes très conceptuelles d'Ikuhara, qui demandait par exemple de dessiner un ciel totalement blanc derrière une arche plutôt que le bâtiment qui devrait s'y trouver logiquement.

Les chœurs et chansons underground du compositeur J.A. Seazer, ancien musicien de la troupe théâtrale Tenjō Sajiki dirigée par Shūji Terayama, comme le morceau « Zettai Unmei Mokushiroku », ont largement contribué à l'univers musical si particulier de la série.

Certaines phrases de la série rappellent le film Tenshi no Tamago (L'Œuf de l'ange) de Mamoru Oshii, une influence particulièrement visible dans l'épisode 27, « L'Œuf de Nanami ».

Le générique du premier épisode montre que le campus de l'établissement Ohtori, vu du ciel, a la forme d'un kofun (tumulus antique japonais) en forme de trou de serrure.

La série a reçu le prix de la meilleure œuvre lors du 2e Festival d'animation de Kobe.

Le film Adolescence Mokushiroku a été sélectionné en compétition dans la catégorie long métrage du Festival international du film d'animation d'Annecy en 2000.