Fort Boyard a été créé le 7 juillet 1990 par Jacques Antoine, Jean-Pierre Mitrecey et Pierre Launais, et s'appelait à l'origine « Les Clés de Fort Boyard » lors de sa première saison.

Le concept du jeu s'est construit progressivement : en 1990 seules existaient la quête des clés et la salle du trésor, la quête des indices n'a été créée qu'en 1991, et le Conseil n'a été ajouté qu'en 1995.

Élodie Gossuin est la personnalité féminine ayant participé le plus souvent au jeu avec treize apparitions, tandis que Bruno Guillon détient le record masculin avec onze participations.

La plus jeune célébrité ayant participé est Gloria Palermo de Blasi (Kids United), âgée de 9 ans en 2016, tandis que le candidat le plus âgé est Patrice Laffont, venu à 84 ans en 2024.

La diffusion de l'émission de 2024 à laquelle participait Patrice Laffont a été repoussée après l'été et programmée une semaine après son décès, survenu le 7 août 2024, faisant de lui la première personnalité dont la participation a été diffusée à titre posthume.

Marie Talon, première animatrice en 1990, a été congédiée en milieu de saison officiellement pour une entorse à la cheville mais officieusement pour de mauvaises audiences et des différends avec la production ; elle est la seule animatrice à n'avoir jamais participé comme candidate.

Jean-Pierre Castaldi, animateur de 2000 à 2002, avait un contrat pour quatre saisons mais a été congédié en 2002 après une saison jugée en demi-teinte, la production souhaitant renouveler l'image du jeu.

Le personnage du Père Fouras est incarné depuis 1990 par Yann Le Gac, sauf en 1990 et en 2002 ; selon la légende du jeu, il serait né en 1815 sur l'île d'Aix et aurait caché lui-même le trésor sur le fort.

Entre mai et juillet, près de trente-cinq pays différents viennent tourner leur propre adaptation sur le fort en utilisant une partie des équipes techniques et des personnages français ; en 2000, un record de onze pays sont venus tourner la même année, tandis qu'aucun pays étranger n'a pu tourner en 2020 à cause de la pandémie de Covid-19.

La voix-off principale de l'émission depuis 2011, Françoise Cadol, est également connue pour être la voix française de Lara Croft, Sandra Bullock et Angelina Jolie.