Le concept de Ninjago est né en 2009 lorsque The Lego Group a voulu créer une nouvelle propriété intellectuelle originale autour des ninjas, en s'inspirant d'un ancien thème appelé Lego Ninja sorti en 1998 puis remplacé par Lego Knights en 2000.

Le premier croquis conceptuel a été dessiné par Tommy Andreasen fin 2009 lors d'une réunion improvisée un vendredi soir ; il représentait cinq ninjas élémentaires et portait le nom provisoire « Spinjago », qui deviendra plus tard « Spinjitzu ».

Après avoir esquissé le concept, Tommy Andreasen a contacté l'artiste canadien Craig Sellars, qui a peint une illustration conceptuelle du groupe en un week-end, un moment qu'Andreasen décrit comme le véritable point de départ de la série.

Des recherches ethnographiques menées auprès d'enfants ont permis de choisir les squelettes comme antagonistes principaux du premier arc narratif, jugés plus effrayants et fantastiques que d'autres idées testées comme les serpents ou les robots, qui furent finalement réutilisés dans des saisons ultérieures.

Les frères Kevin et Dan Hageman, scénaristes de Ninjago jusqu'à la neuvième saison, ont obtenu ce projet après avoir présenté avec succès à Lego une proposition pour ce qui deviendrait le film The Lego Movie ; Lego leur a ensuite confié l'écriture d'un téléfilm animé de 44 minutes sur des ninjas.

Le personnage de Nya a été créé par les frères Hageman spécifiquement pour donner à Kai une motivation émotionnelle dans les épisodes pilotes, et pour que la série plaise autant aux filles qu'aux garçons.

À partir de la saison 8, Lloyd a changé de voix, Sam Vincent remplaçant Jillian Michaels, tandis que les autres ninjas ont conservé leurs doubleurs d'origine.

Les dix premières saisons ont été produites à Copenhague par le studio Wil Film ApS, avec une organisation internationale complexe : le design à Berlin, les voix enregistrées au Canada, la musique produite à Los Angeles et l'animation réalisée en Chine par Global Digital Creations, puis par Xentrix Studios à partir de la saison 8 en raison de problèmes de qualité.

À partir de la onzième saison, la production a été transférée aux studios WildBrain au Canada, la série étant alors rebaptisée simplement « Ninjago », avec l'introduction d'un nouveau format d'épisodes de 11 minutes au lieu de 22, ainsi qu'un nouveau style d'animation inspiré de l'anime en 2D.

Dans la huitième saison, l'apparence des ninjas a été redessinée pour se rapprocher de leurs versions du film Lego Ninjago Movie, avec de nouvelles coiffures destinées à donner plus d'unicité à chaque personnage.

Le thème principal instrumental « Ninjago Overture », composé par Michael Kramer et Jay Vincent, provient d'un morceau d'arts martiaux que Kramer avait déjà écrit et que les deux compositeurs ont jugé parfait pour la série.

Les compositeurs Jay Vincent et Michael Kramer ont établi une règle d'orchestration dès le début de la série : les méchants sont généralement associés à des instruments à cordes frottées, tandis que les héros sont associés à des instruments à vent, afin de créer une friction sonore entre le bien et le mal.

La chanson-titre « The Weekend Whip », interprétée par le groupe The Fold, a été conçue pour pouvoir être écoutée indépendamment de la série, et est décrite comme représentant « la danse que font les ninjas le week-end quand ils ne travaillent pas ».

La série, initialement prévue pour durer seulement trois ans avec une fin prévue dès la saison 2 (où Lloyd devient le « Ninja Doré » et bat l'Overlord), a été prolongée en raison de l'énorme succès commercial de la gamme de jouets Lego Ninjago, les créateurs n'ayant eu que six semaines pour décider de la suite.