Fox Mulder est un agent du FBI. Attiré par les phénomènes paranormaux et les croyances parfois irrationnelles, il s'intéresse aux affaires non classées, certaines relevant du paranormal. On lui adjoint une partenaire, Dana Scully, médecin et beaucoup plus adepte de la logique cartésienne. Mulder, obsédé par la disparition de sa sœur, est persuadé qu'elle a été enlevée par des aliens. Les deux agents vont ainsi entrevoir les grandes lignes de complots et autres théories de la conspiration…