La série est née d'une proposition de la chaîne : alors que l'équipe créative travaillait sur Superman: The Animated Series, Kids' WB leur a demandé de produire de nouveaux épisodes de Batman pour les diffuser en parallèle sous le titre The New Batman/Superman Adventures.

Le style graphique a été entièrement revu par rapport à Batman: The Animated Series afin d'obtenir une animation plus fluide et cohérente, et surtout pour rester visuellement proche de Superman: The Animated Series qui était diffusée au même moment.

Le producteur Paul Dini a expliqué que Batgirl devait apparaître dans un maximum d'épisodes car le jouettier Kenner voulait lancer une ligne de jouets à son effigie, profitant aussi de la publicité générée par sa présence dans le film Batman & Robin.

Melissa Gilbert, qui doublait Batgirl dans la série précédente, a été remplacée par Tara Strong (créditée sous son nom de jeune fille Tara Charendoff) car l'équipe créative voulait une voix sonnant plus jeune.

Henry Polic II, qui doublait l'Épouvantail dans Batman: The Animated Series, a été remplacé par Jeffrey Combs pour cette nouvelle série.

L'équipe a inventé sa propre origine pour le nouveau Robin, Tim Drake, car son origine dans les comics (avec un père vivant près du manoir Wayne) ne convenait pas à la dynamique familiale voulue entre Batman, Robin, Batgirl et Nightwing ; ils ont ensuite réalisé que cette origine ressemblait fortement à celle de Jason Todd, ce qui était en réalité voulu dès le départ après avoir décidé de ne pas adapter le récit violent de la BD Batman: A Death in the Family.

Le costume du nouveau Robin, aux couleurs simplifiées rouge, noir et jaune sans vert, réapparaîtra plus tard dans les comics comme costume de Tim Drake après l'événement Infinite Crisis.

Le redesign du Joker, avec des yeux blancs sur une sclère noire et un costume violet et vert, n'a pas plu aux fans, ce qui a conduit à un nouveau redesign du personnage pour Batman Beyond: Return of the Joker, Static Shock et Justice League.

Le producteur Bruce Timm a raconté que les censeurs de Kids' WB étaient beaucoup plus souples que ceux de Fox Kids : alors qu'à la Fox chaque storyboard recevait cinq pages de notes sur ce qui était interdit, la WB ne leur envoyait généralement que deux paragraphes de restrictions.