L'adaptation en série animée a vu le jour après le succès du manga Pokémon publié dans CoroCoro Comic peu après la sortie des jeux vidéo ; le rédacteur en chef adjoint Masakazu Kubo a obtenu l'accord de Nintendo pour lancer le projet, soutenu par Kōji Kawaguchi (Nintendo) et Tsunekazu Ishihara (Creatures).

Tsunekazu Ishihara était initialement opposé à l'idée d'adapter les jeux Pokémon Rouge et Vert en série animée, estimant que les séries tirées de jeux vidéo ne duraient généralement que six mois à un an.

Alors que dans les jeux le joueur choisit au départ entre Salamèche, Bulbizarre et Carapuce, les producteurs ont choisi Pikachu comme partenaire du héros pour élargir le public de la série aux jeunes filles.

Les noms des personnages Sacha (Satoshi) et Régis (Shigeru) sont des clins d'œil respectifs à Satoshi Tajiri et Shigeru Miyamoto, créateurs des jeux vidéo Pokémon.

Selon le scénariste Shōji Yoshikawa, le trio de la Team Rocket (Jessie, James et Miaouss) est fortement inspiré des « trois vilains » récurrents de la série Time Bokan.

L'épisode 38 « Dennō Senshi Porygon », diffusé le 16 décembre 1997, a provoqué le « choc Pokémon » : une séquence de flashs lumineux a déclenché des crises d'épilepsie chez de nombreux jeunes téléspectateurs japonais, entraînant l'arrêt de la diffusion pendant environ quatre mois.

L'épisode 33 « La Grande Course des Pokémon de feu » a obtenu le record d'audience de la série au Japon avec 18,6 % de parts d'audience dans la région du Kantō.

Le premier film, Mewtwo contre-attaque, sorti à l'été 1998 au Japon, s'est classé 4e du box-office japonais de l'année avec 7,24 milliards de yens de recettes.

Cinq épisodes n'ont jamais été diffusés en dehors du Japon, notamment l'épisode 18 jugé inapproprié (travestissement de James lors d'un concours de bikinis) et l'épisode 252 mettant en scène le Pokémon Jynx, retiré en raison d'accusations de stéréotype raciste (le Pokémon a depuis été recoloré en violet).

L'épisode 1003 a été censuré en 2023 à cause d'une scène où le visage maquillé de Sacha évoquait un blackface, ce qui en fait le premier épisode supprimé depuis 2002.

Un épisode consacré à la pêche (697) a été décalé dans sa diffusion occidentale après le séisme et le tsunami du 11 mars 2011 au Japon, son sujet étant jugé sensible dans ce contexte.

En France, plusieurs films de la saga (le 4e, le 6e et le 7e) ont été doublés par un studio différent des autres films et de la série, sans les comédiens habituels, ce qui a déçu les fans souhaitant un redoublage pour assurer la continuité.