L'idea del film nacque durante il tour promozionale internazionale di Red Dragon nel 2002, quando alcuni giornalisti suggerirono di realizzare un film sulla giovinezza di Hannibal Lecter. La produttrice Martha De Laurentiis colse l'idea e propose a Thomas Harris di scrivere sia il romanzo che la sceneggiatura.

Dino De Laurentiis, che deteneva i diritti del personaggio, minacciò Harris di affidare il progetto a un altro sceneggiatore se lui avesse rifiutato di scrivere il prequel, pur di non perdere il franchise.

Nel 2003, al Festival di Cannes, il progetto fu presentato sotto il titolo provvisorio 'The Lecter Variation', con l'idea iniziale di far interpretare Hannibal da quattro attori diversi alle età di 12, 16, 20 e 25 anni.

Tra gli attori che fecero un provino per il ruolo di Hannibal Lecter figuravano Hugh Dancy, Macaulay Culkin, Dominic Cooper e Tom Payne; Dancy avrebbe poi interpretato Will Graham nella serie TV Hannibal (2013-2015).

Gaspard Ulliel fu notato da Dino De Laurentiis dopo averlo visto nel film francese Un lungo fidanzamento del 2004, e De Laurentiis rimase talmente colpito dal suo screen test da dichiarargli che era 'nato per essere Hannibal Lecter'.

Gong Li rischiò di perdere il ruolo di Lady Murasaki per conflitti di programmazione con Miami Vice, tanto che il calendario delle riprese di Hannibal Rising dovette essere modificato per poterla mantenere nel cast.

Per il ruolo del cattivo Vladis Grutas, il regista Peter Webber scelse l'attore gallese Rhys Ifans, all'epoca noto soprattutto per ruoli comici, rimanendo colpito dalla sua audizione senza copione.

L'attore svedese Mikael Persbrandt fu contattato per interpretare uno dei soldati ma dovette rifiutare per impegni con un altro film e uno spettacolo teatrale in Svezia; Webber gli promise un ruolo in un eventuale secondo film su Hannibal giovane in caso di successo.

L'attore francese Denis Ménochet, amico di Ulliel, ottenne un piccolo ruolo come poliziotto all'obitorio semplicemente perché si trovava sul set in visita, grazie a un suggerimento di Ulliel che non gli disse mai di essere stato lui a proporlo.

Le riprese principali iniziarono a Praga il 10 ottobre 2005 negli Studios di Barrandov e proseguirono anche in Francia e Lituania, terminando dopo 14 settimane nel febbraio 2006.

Dal set furono rubati due oggetti di scena: una testa di gomma usata nella scena della decapitazione di Dortlich e un pene di gomma staccato da un manichino a grandezza naturale usato in una scena di autopsia.

Per prepararsi al ruolo, Peter Webber mandò Ulliel a osservare una lezione di autopsia in una scuola di medicina di Praga; contrariamente alle aspettative del regista, l'attore chiese di poter assistere anche il giorno successivo.

Ulliel ebbe solo un mese e mezzo di lezioni di inglese prima dell'inizio delle riprese, poiché la produzione doveva essere rapida per rispettare la disponibilità di Gong Li; recitare in inglese risultò molto difficile per lui.

Per la scena del duello con la spada, Ulliel si allenò per una settimana con un maestro di kendo insieme a Gong Li.

I produttori tentarono di organizzare un incontro tra Gaspard Ulliel e Anthony Hopkins, che aveva interpretato Hannibal Lecter adulto nei tre film precedenti, ma l'incontro non avvenne mai per l'indisponibilità di Hopkins.

Si era vociferato che Anthony Hopkins avrebbe fornito la voce narrante del film, ma alla fine ciò non avvenne.

Diverse scene violente furono tagliate prima della sottomissione al comitato di classificazione perché ritenute troppo forti; una versione non tagliata (unrated) fu poi resa disponibile in DVD.

Il film fu candidato a due Golden Raspberry Awards, per Peggior Prequel o Sequel e Peggior Scusa per un Film Horror, senza vincerne nessuno.