Il film è stato dedicato a Don Messick, la voce originale di Scooby-Doo, che è morto nell'ottobre 1997 dopo essersi ritirato dal ruolo nel 1996.

È stata la prima produzione di Scooby-Doo a riunire l'intera gang adulta (escluso Scrappy-Doo) insieme dal 1984, un episodio di The New Scooby-Doo Mysteries.

Il progetto è iniziato come un esperimento direct-to-video suggerito da Time Warner dopo che le repliche su Cartoon Network hanno aumentato la popolarità di Scooby-Doo negli anni '90, ed è stato considerato dagli studio executive come un progetto una tantum a bassa sorveglianza, che ha dato al team libertà creativa.

Gran parte della sceneggiatura è stata riciclata dalla sceneggiatura di Glenn Leopold per un episodio incompiuto di SWAT Kats intitolato 'The Curse of Kataluna'.

Il regista Jim Stenstrum e il produttore Davis Doi volevano che i mostri fossero genuinamente sovrannaturali piuttosto che cattivi travestiti, mentre lo sceneggiatore Glenn Leopold voleva mantenere il tradizionale formato di mistero risolvibile; il coordinatore dei modelli Lance Falk ha suggerito di combinare entrambi gli approcci, risultando nel mix del film di minacce sovrannaturali reali e un intreccio di mistero.

Casey Kasem era originariamente previsto per riprendere il suo ruolo di Shaggy, ma ha rifiutato di doppiare il personaggio mentre mangiava carne a causa del suo vegetarianismo (avendo anche rifiutato uno spot pubblicitario di Burger King del 1995 per lo stesso motivo) e ha chiesto che Shaggy diventasse vegetariano nelle produzioni future, portando lo studio a rimpiazzare il ruolo con Billy West anche dopo aver offerto a Kasem un'ultima opportunità di ridoppiare la parte.

Heather North aveva già registrato una giornata di battute come Daphne prima di essere sostituita da Mary Kay Bergman.

Frank Welker, l'unico attore della serie originale a tornare (come Fred Jones), ha dovuto combattere per mantenere la sua voce naturale dopo che i produttori credevano che fosse calata di un'ottava; il team alla fine ha revisionato i vecchi episodi e ha realizzato che la differenza di tono percepita era dovuta a Cartoon Network che trasmetteva repliche compresse e accelerate.

Il film è stato il primo di quattro film Scooby-Doo direct-to-video animati all'estero dallo studio giapponese Mook Animation, i cui registi Hiroshi Aoyama e Kazumi Fukushima non sono stati accreditati nell'immagine finale.

Lo scrittore originale del design dei personaggi di Scooby-Doo Iwao Takamoto, ancora in servizio presso Hanna-Barbera, ha consigliato la produzione e ha personalmente disegnato diverse sequenze di interazione tra Shaggy e Scooby, chiamando il film 'un buon e solido mistero'.

Il team ha aggiornato il guardaroba in stile anni '60 dei personaggi per un look più moderno, dando a Fred jeans e un gilet invece di pantaloni a zampa d'elefante e un ascot, e ridisegnando gli abiti di Daphne e Velma, anche se l'abbigliamento originale degli anni '60 appare brevemente nella scena di apertura.

Le rock band Third Eye Blind e Skycycle hanno contribuito alla colonna sonora, con Third Eye Blind che ha eseguito la canzone del titolo 'Scooby-Doo, Where Are You!' e Skycycle che ha eseguito due canzoni originali scritte da Glenn Leopold.

Il film è stato supportato da una campagna promozionale di circa 50 milioni di dollari, all'epoca la più grande nella storia di Warner Bros. Family Entertainment, inclusi tie-in con Campbell's Soup, SpaghettiOs, Wendy's, Lego e uno schema di vernice NASCAR sulla macchina Winston Cup di Jerry Nadeau.

Una classifica di Variety del 2022 ha nominato Scooby-Doo on Zombie Island la migliore voce dell'intera franchisee di Scooby-Doo.