Ridley Scott annunciò lo sviluppo del film, inizialmente intitolato Moses, nel giugno 2012; il titolo fu poi cambiato in Exodus: Gods and Kings dopo aver scoperto che la Metro-Goldwyn-Mayer deteneva in perpetuo i diritti sul titolo singolo Exodus.

Curiosamente, nel 2011 anche la Warner Bros. stava sviluppando un proprio film su Mosè intitolato Gods and Kings, con Steven Spielberg inizialmente in trattative per dirigerlo prima che Ang Lee venisse considerato come sostituto quando Spielberg abbandonò il progetto nel 2013.

Ridley Scott dichiarò pubblicamente di voler spiegare i miracoli biblici con cause naturali, ipotizzando che l'apertura del Mar Rosso fosse stata provocata da uno tsunami generato da un terremoto sottomarino al largo delle coste italiane intorno al 3000 a.C.

Il ruolo di Ramses andò a Joel Edgerton dopo che Oscar Isaac lo aveva rifiutato.

Christian Bale, interprete di Mosè, dichiarò di considerare il personaggio probabilmente schizofrenico e uno degli individui più barbari mai letti nella storia, suscitando polemiche tra i commentatori religiosi.

Il film fu accusato di whitewashing per aver affidato i ruoli principali di Mosè, Ramses II, della regina Tuya e di Giosuè ad attori caucasici (Christian Bale, Joel Edgerton, Sigourney Weaver e Aaron Paul), scatenando petizioni online e appelli al boicottaggio sui social network.

Ridley Scott rispose alle critiche sul whitewashing affermando che senza attori famosi il film non avrebbe mai ottenuto i finanziamenti necessari, dichiarando: "Non posso montare un film con questo budget dicendo che il mio attore protagonista è Mohammad tal dei tali".

Le riprese iniziarono nell'ottobre 2013 ad Almería (Spagna), con location principali a Ouarzazate (Marocco) e Sierra Alhamilla, mentre la scena del Mar Rosso fu girata su una spiaggia di Fuerteventura, nelle Isole Canarie; le riprese durarono complessivamente 74 giorni.

Luke Scott, figlio del regista Ridley Scott, ha lavorato come regista della seconda unità sul film.

Furono creati oltre 1.500 effetti visivi per moltiplicare digitalmente le folle di Ebrei e per rendere le piaghe di grandine, locuste e rane, anche se sul set vennero utilizzate 400 rane vere; su 400.000 persone raffigurate nell'attraversamento del Mar Rosso solo 30-40 comparse reali accompagnavano Christian Bale, il resto era generato al computer.

Per la scena della grandinata, il team degli effetti speciali costruì 30 cannoni speciali che sparavano palline di polimero capaci di rimbalzare e frantumarsi con le stesse caratteristiche di una vera palla di ghiaccio, mentre la grandine più distante fu realizzata tramite simulazione al computer.

La colonna sonora del film fu composta da Alberto Iglesias, con musiche aggiuntive di Harry Gregson-Williams.

Il film fu vietato in Egitto, dove il ministro della cultura lo definì "un film sionista" accusandolo di inesattezze storiche, come l'idea che Mosè e gli ebrei avessero costruito le piramidi; fu vietato anche negli Emirati Arabi Uniti per presunti errori storici e religiosi.

In Marocco il film fu inizialmente approvato ma vietato il giorno prima della prima a causa della personificazione della voce di Dio; dopo alcune modifiche ai dialoghi venne infine autorizzato per la proiezione.

Il film è dedicato a Tony Scott, fratello del regista Ridley Scott, morto il 19 agosto 2012.