Vince Gilligan ha iniziato a pensare alla storia di El Camino già mentre scriveva l'episodio finale di Breaking Bad, chiedendosi cosa fosse successo a Jesse Pinkman dopo la sua fuga dal complesso dei neonazisti.

Una prima versione della storia prevedeva che Jesse si nascondesse vicino al confine canadese e venisse coinvolto di nuovo nel crimine per aiutare una giovane donna, terminando con lui in una cella di prigione ma finalmente in pace; questa idea fu scartata dopo il parere negativo della fidanzata di Gilligan e dello staff di Better Call Saul.

Il progetto doveva inizialmente chiamarsi '63, in riferimento al fatto di essere il 63º episodio non ufficiale di Breaking Bad, ma il produttore Thomas Schnauz convinse Gilligan a cambiare titolo poiché il film doveva concentrarsi su Jesse e non su Walter White.

Vince Gilligan pilotò personalmente l'elicottero che portò Aaron Paul e Jesse Plemons sul set del Painted Desert, poiché è un pilota con licenza.

Bryan Cranston girò le sue scene come Walter White in appena 36 ore, volando in jet privato ad Albuquerque durante una pausa di due giorni dallo spettacolo teatrale Network a Broadway; per l'occasione la troupe truccatori usò una calotta calva e baffi finti poiché l'attore si era lasciato crescere i capelli.

Su suggerimento di Peter Gould, showrunner di Better Call Saul, Gilligan aggiunse il personaggio di Jane Margolis nel finale del film, decisione che portò Krysten Ritter a pronunciare le ultime battute della pellicola.

Le riprese si svolsero in gran segreto: il film venne registrato presso il New Mexico Film Office con il titolo fittizio 'Greenbrier', gli attori indossavano mantelli per nascondere la propria identità e i personaggi avevano nomi in codice.

Per la scena di Jesse che raccoglie uno scarafaggio fuori dall'ufficio di Neil Kandy, la produzione stava per rinunciare a girarla per motivi di tempo, ma Aaron Paul insistette sostenendo che fosse una scena chiave per comprendere lo stato d'animo di Jesse, e venne girata in un'unica ripresa.

Per distinguere i flashback dalle scene ambientate nel presente, Gilligan scelse di girare i flashback con la cinepresa a mano, ottenendo l'effetto tremolante posizionando la pesante Arri Alexa 65 su un airbag da camion gonfiabile e sgonfiabile tra due piastre di plastica.

Nel set ricostruito del laboratorio del complesso venne riutilizzato il contenitore di cottura originale, comprensivo dell'impronta di sangue lasciata da Walter White nella scena finale di Breaking Bad; Gilligan decise di non pulirla, lasciandola come easter egg per i fan nonostante creasse un errore di continuità.

Robert Forster, che interpretò Ed Galbraith, morì il giorno stesso dell'uscita del film, rendendo questa una delle sue ultime apparizioni sullo schermo.

Per la scena finale ambientata vicino a Haines, in Alaska, la produzione girò in realtà nei pressi di Jackson, nel Wyoming, sfruttando una bassa copertura nuvolosa per nascondere le Grand Tetons sullo sfondo ed evitare di doverle rimuovere digitalmente in post-produzione.