Mikan è una bambina orfana di dieci anni che vive in un paesino di campagna con il nonno. Quando la sua migliore amica Hotaru deve lasciare la città per frequentare l'Alice Academy, una scuola per bambini prodigio dotati di poteri sovrannaturali (detti Alice), Mikan decide di scappare e andare a Tokyo per rivederla. All'entrata dell'accademia incontra il professor Narumi, che accorgendosi del raro potere nascosto in lei la iscrive immediatamente alla scuola. Mikan si riunisce quindi alla sua amica Hotaru, ma ben presto si guadagna l'antipatia dei suoi compagni di classe, che solo dopo qualche tempo vengono conquistati dalla sua personalità buona e ottimista. Incontra Natsume, ragazzino che possiede l'alice del fuoco, che diventa suo rivale. I due non perdono occasione per insultarsi a vicenda ma, passando del tempo insieme, costruiscono un'amicizia che sfocia nell'amore..