L'anime nacque grazie al successo dei fumetti Pokémon pubblicati su CoroCoro Comic quasi in contemporanea con l'uscita dei videogiochi: il vice caporedattore Masakazu Kubo convinse Nintendo a concedere i diritti per la trasposizione animata, ottenendo l'appoggio di Takashi Kawaguchi e di Tsunekazu Ishihara di Creatures.

Il produttore Tsunekazu Ishihara era inizialmente contrario a realizzare l'anime, temendo che una serie tratta da un videogioco durasse in media solo tra sei mesi e un anno e che finisse prima dell'uscita dei sequel Pokémon Oro e Argento; la serie fu comunque approvata e debuttò il 1° aprile 1997.

Originariamente l'anime era stato pianificato per una durata di soli 18 mesi, ma l'interesse del pubblico in Giappone e in Occidente non diminuì, spingendo Nintendo a proseguire la produzione in parallelo con l'uscita dei film a tema Pokémon.

I nomi originali giapponesi del protagonista Satoshi e del suo rivale Shigeru sono omaggi rispettivamente a Satoshi Tajiri, creatore della serie Pokémon, e a Shigeru Miyamoto, mentore di Tajiri durante lo sviluppo di Pokémon Rosso e Blu.

Per la scelta della mascotte della serie, Nintendo propose Pikachu al posto dei tre Pokémon iniziali del gioco (Charmander, Bulbasaur e Squirtle), poiché la sua immagine rassicurante avrebbe potuto attirare sia il pubblico maschile che quello femminile, ampliando così il target dello show.

Il trio del Team Rocket è fortemente influenzato dai tre villain della serie Time Bokan, secondo quanto dichiarato dallo sceneggiatore Shōji Yoshikawa.

In alcuni episodi giapponesi sono presenti parodie e riferimenti a prodotti reali, come i controller Wii Remote e Nunchuk della Nintendo mostrati nei macchinari del Team Rocket; queste gag vengono spesso sostituite nelle versioni estere.

Il 16 dicembre 1997 la trasmissione dell'episodio 'Dennō senshi Porygon' provocò in Giappone convulsioni e crisi epilettiche in numerosi telespettatori, un evento noto come 'Pokémon Shock', che portò alla sospensione della trasmissione della serie per circa quattro mesi, fino al 16 aprile 1998; l'episodio non è mai più stato replicato né pubblicato in home video.

L'episodio 33 'Ho no no Pokémon Dai Race!', andato in onda l'11 novembre 1997, ottenne il picco di share più alto della serie in Giappone con il 18,6% di audience nell'area del Kanto.

Nell'aprile 2020 la trasmissione della serie in Giappone fu nuovamente sospesa, questa volta a causa della pandemia di COVID-19, per riprendere regolarmente il 7 giugno 2020 dopo circa un mese e mezzo di stop.

L'episodio 35 'La leggenda di Dratini' fu censurato negli Stati Uniti e in Italia per l'uso di armi da fuoco da parte del guardiano della Safari Zone puntate contro i protagonisti e il Team Rocket, rendendo incomprensibile in Occidente la provenienza dei trenta Tauros catturati da Ash in quell'episodio.

In Italia la serie debuttò il 10 gennaio 2000 su Italia 1 e vi rimase fino al 2008; con la mancata rinnovazione dei diritti da parte di Mediaset, l'adattamento passò poi direttamente a The Pokémon Company International, che affidò il doppiaggio allo Studio Asci, il quale ridoppiò anche parte della prima serie giapponese con nuovo cast e nuova terminologia.