８年前、世界に広がる独立スパイ組織、シタデルは新たなシンジケート、マンティコアによって崩壊させられた。記憶を消された敏腕エージェント、メイソン・ケインとナディア・シンはなんとか生き残ることができた。８年後、メイソンの元同僚のバーナード・オーリックはマンティコアが新たな世界秩序を作るのを阻止すべく、メイソンに協力を求める。