光と水のダフネ

タイトルの「ダフネ」はギリシャ語で「月桂樹」を意味し、マイアの祖父が残した最後の言葉に由来する。作中では水没した世界を指す「Brilliant Blue」という言葉と対になっている。

作中でマイアたちが繰り返し口にする詩句「A tree that is planted by water will produce fruit in due season, its leaves will never wither...」は、作中では出典が明かされないが、実際には旧約聖書の詩篇1篇3節に由来する一節である。

何でも屋の組織名「ネレイス」は、ギリシャ神話に登場する海の女神ネレイスたちにちなんで名付けられている。

漫画版の舞台となる深海都市の名前「エルピダ」はギリシャ語で「希望」を意味する。漫画版はテレビアニメ版の100年前を描く前日譚として位置づけられている。

テレビアニメ本編とは別に、放送されなかったDVD特別編（OVA）が2話分制作された。

作中には旭橋・秋月橋・花咲大橋など、北海道旭川市に実在する橋の名称がそのまま使われているが、その関連性は明らかにされていない。

エンディングテーマの歌手は途中で交代しており、第1話から第14話まではCooRie、第15話から第23話までは主人公マイア役の中原麻衣自身が歌唱を担当した。

アニメ版の人気を受けて、主人公役の中原麻衣と花岡勉役の岩田光央がパーソナリティーを務めるインターネットラジオ番組『中原麻衣・岩田光央のラジオネレイス』が、2004年2月から9月にかけて全30回配信された。