涼宮ハルヒの憂鬱

制作陣による構成会議は琵琶湖で行われ、監督の石原立也、シリーズ演出の山本寛、原作者の谷川流、音楽の神前暁、美術監督の田村せいきらが参加し、朝まで会議を重ねて作品のコンセプトを統一していった。

監督の石原立也は原作小説を読んだ際、小説の面白さは映像化に向いていないのではと不安を感じており、原作者の谷川流自身も「アニメにして面白いのか」と疑問を抱いていたという。

第1期で行われた時系列を無視した「シャッフル放送」は、構成会議前の顔合わせ段階で谷川流が「時系列通りにやらなくてもいいのでは」と発言したことがきっかけで決まった。

第1話のエピソード「朝比奈ミクルの冒険 Episode 00」は自主映画という設定のため、意図的に「素人が作った感」を出す必要があり、声優陣にわざと下手に演じるよう指示したり、通常ならOKになるレイアウトに「へぼくして」とリテイクを出すという前代未聞の演出が行われた。

エピソード「ライブアライブ」のバンド演奏シーンでは、アニメーターに楽器経験者がいなかったため、実写映像をトレースする「ロトスコープ」技法でギターやベースの運指、ドラムの動きを忠実に再現し、作画枚数は他話の約2倍に達した。

アニメオリジナルエピソード「サムデイ イン ザ レイン」では、長門が本を読み続ける様子を前半2分17秒、後半1分にわたり長回しで描写する演出が行われ、この回で長門は一言も台詞を発しておらず声優のクレジットも外されている。

「エンドレスエイト」は全8話でほぼ同じストーリーを繰り返す構成だが、アフレコは毎回新規に8回分行われ、各話は別々のスタッフが同時進行で担当し、互いに影響を受けないよう他話の仕上がりを見ないよう意識しながら制作された。

放送中の「オタコン2009」にて、シリーズ演出だった山本寛は海外ファンから「エンドレスエイト」について質問され、「1年以上前から複数話構成の話があり自分は反対した」と述べ謝罪したが、後にこの発言を撤回している。

エンディングテーマ「ハレ晴レユカイ」に合わせて登場人物が踊る「ハルヒダンス」は、ニコニコ動画への「踊ってみた」投稿の火付け役となり、後のアニメや実写ドラマでもエンディングダンスが一般化するきっかけとなった。

エピソード「射手座の日」では、石原立也が好きだったアニメ『宇宙戦艦ヤマト』のパロディが随所に見られ、敵の親玉であるコンピ研部長のデザインはデスラー総統に似せて作られている。

劇中でハルヒが飼うことになる猫「シャミセン」は、ハルヒが映画撮影中に拾った三毛猫という設定で、劇中で喋る設定にしたところハルヒの能力によって実際に人語を話すようになったというエピソードがある。

聖地巡礼のモデルとなった兵庫県立西宮北高等学校には多くのファンが訪れ、グラウンドに「SOS」と落書きしたり無断で校内に立ち入るファンが出たため、学校側がホームページで注意を呼びかける事態となった。