8년 전, 독립적인 국제 첩보국 시타델은 새로운 연합체인 맨티코어에 의해 파괴된다. 엘리트 요원인 메이슨 케인과 나디아 신은 겨우 목숨을 건지지만, 이들의 기억은 지워진다. 8년 후, 메이슨의 전 동료인 버나드 올릭은 메이슨을 찾아와 맨티코어가 새로운 세계 질서를 수립하는 것을 막도록 도와달라고 한다.