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크리스 카터는 미국인 370만 명이 외계인에게 납치된 적이 있다고 믿는다는 보고서, 워터게이트 스캔들, 그리고 1970년대 시리즈 '콜책: 나이트 스토커'에서 영감을 받아 1992년에 파일럿 각본을 썼다.

카터의 초기 기획안은 폭스 경영진에게 거절당했으나, 그가 콘셉트를 더 발전시켜 몇 주 후 다시 제안하자 파일럿 제작이 승인되었다.

카터는 멀더와 스컬리의 관계를 철저히 플라토닉하게 유지하려 했으며, 이는 드라마 '어벤저스'의 엠마 필과 존 스틸 캐릭터 관계를 참고한 것이었다.

데이비드 듀코브니의 오디션은 훌륭했지만 말이 다소 느려서, 카터는 그가 특별히 똑똑하지 않다고 생각해 미래 에피소드에서 FBI 요원처럼 연기해 달라고 부탁했을 정도였다. 그러나 실제로 듀코브니는 카터가 아는 사람 중 가장 박식한 사람 중 한 명이었다.

길리언 앤더슨이 스컬리 역에 캐스팅될 당시 폭스 방송사는 더 유명하거나 키가 크고 금발이며 글래머러스한 배우를 원했지만, 카터는 오디션 후 그녀가 유일한 선택이라고 확신했다.

미치 필레지는 월터 스키너 역을 맡기 전 다른 두세 개 배역에 낙방한 적이 있었는데, 삭발을 하고 있어서 캐스팅되지 못했다는 사실을 나중에 알게 되었다. 스키너 오디션 당시에는 머리를 기른 채 기분이 안 좋았는데, 그 짜증난 태도가 오히려 캐릭터와 잘 맞아떨어졌다.

존 도겟 역에는 100명이 넘는 배우가 오디션을 봤고 그중 10명 정도가 진지하게 고려되었는데, 루 다이아몬드 필립스, 하트 보크너, 브루스 캠벨 등이 후보에 올랐다.

파일럿 촬영을 위해 로스앤젤레스에서 촬영 장소를 물색했으나 적합한 숲을 찾지 못한 카터는 결국 밴쿠버로 제작지를 옮겼고, 이후 시즌 5까지 밴쿠버에서 촬영이 이어졌다.

듀코브니가 아내 테아 레오니와 지리적으로 떨어져 지내는 것에 불만을 가졌고 밴쿠버의 잦은 비 때문이라는 소문이 돌았으며, 앤더슨도 미국으로 돌아가고 싶어해 시즌 5 이후 제작진은 로스앤젤레스로 촬영지를 옮겼다.

주제곡의 유명한 휘파람 효과는 더 스미스의 1985년 앨범 'Meat Is Murder' 미국판에 수록된 곡 'How Soon Is Now?'에서 영감을 받았으며, 실제로는 신시사이저의 'Whistl'n Joe'라는 프리셋 사운드로 만들어졌다.

작곡가 마크 스노우는 테마곡의 에코 효과를 우연히 만들어냈는데, 여러 차례 수정에도 만족스럽지 않아 좌절한 상태에서 손을 건반 위에 얹었다가 실수로 에코 이펙트가 활성화되면서 탄생한 사운드였다.

오프닝 시퀀스에 등장하는 씨앗이 발아하는 스플릿 스크린 이미지와 '공포에 질린 일그러진 얼굴'은 특수 효과를 만들 수 있는 비디오 오퍼레이터를 찾아 완성되었으며, 이 오프닝은 시리즈 최초의 에미상(그래픽 디자인 및 타이틀 시퀀스 부문)을 수상했다.

1997년 슈퍼볼 XXXI 직후 방영된 4시즌 에피소드 'Leonard Betts'는 2910만 명이 시청해 시리즈 역대 최고 시청률을 기록했다.