Na het succes van Jurassic Park (1993) raakte Joe Johnston geïnteresseerd in het regisseren van een vervolg; Steven Spielberg stond hem toe de mogelijke derde film te regisseren, terwijl hij zelf Jurassic Park en The Lost World regisseerde.
Spielberg had oorspronkelijk een scène met een Tyrannosaurus die door San Diego raast bedacht voor een derde film, maar besloot deze uiteindelijk te gebruiken in The Lost World: Jurassic Park nadat hij besefte dat hij waarschijnlijk geen derde film zou regisseren.
Een vroege verworpen versie van het verhaal, geschreven door Craig Rosenberg, ging over tieners die gestrand raken op Isla Sorna en bevatte een scène met een Kronosaurus en een achtervolging op motorfietsen door raptors; Johnston vond het script lezen als een slechte aflevering van Friends.
Een latere, verworpen versie van Peter Buchman droeg de werktitel Jurassic Park: Extinction, verwijzend naar het einde waarin Grant weigert het eiland te verlaten; deze titel werd uiteindelijk afgewezen omdat hij een definitief einde van de franchise leek te suggereren.
Slechts vijf weken voor het begin van de opnames verwierpen Johnston en Spielberg het volledige tweede script, ondanks dat er al 18 miljoen dollar aan was uitgegeven en er al decorbouw had plaatsgevonden, ten gunste van een eenvoudiger 'reddingsmissie'-plot voorgesteld door David Koepp.
Sam Neill sloeg een rol in The Lord of the Rings: The Fellowship of the Ring af om zijn rol als Alan Grant in Jurassic Park III te kunnen spelen.
William H. Macy weigerde zijn rol aanvankelijk vanwege planningsconflicten, waardoor de opnames een maand werden uitgesteld; Laura Dern, met wie hij op dat moment aan een andere film werkte, overtuigde hem om de rol alsnog aan te nemen.
Laura Dern was aanvankelijk terughoudend om terug te keren als Ellie Sattler voor slechts een cameo, maar stemde toe nadat Spielberg voorstelde haar personage een belangrijkere rol te geven bij de redding van de personages.
Er werd tijdens de opnames nooit een definitieve versie van het script afgerond; Johnston overwoog meerdere keren te stoppen met de film en noemde het maken ervan 'een dagelijkse hel'.
William H. Macy bekritiseerde tijdens de opnames het ontbreken van een compleet script en vroeg zich publiekelijk af wie was aangenomen om een productie van 100 miljoen dollar zonder afgerond verhaal te starten.
Steven Spielberg was tijdens de opnames niet op de set aanwezig omdat hij bezig was met A.I. Artificial Intelligence, al stond er wel altijd een stoel met zijn naam klaar.
De acteurs deden hun eigen stunts tijdens de neerstortingsscène van het vliegtuig, waarbij Macy de ervaring vergeleek met in een wasdroger zitten; slechts één shot in die scène werd door stuntmensen gedaan.
Téa Leoni gaf aan dat meer van haar make-up werd gebruikt om echte blauwe plekken te verbergen dan om nepblessures te creëren, wat aangeeft hoe fysiek zwaar de opnames waren.
De scène met de satelliettelefoon in Spinosaurus-uitwerpselen werd gefilmd met 950 liter havermout.
De animatronische Spinosaurus was 13 meter lang, woog 13 ton en was krachtiger dan de 9 ton wegende T. rex-animatronic uit de vorige films; Winston's team moest een muur van zijn studio verwijderen om de pop naar buiten te krijgen.
Tijdens het filmen van het gevecht tussen de Spinosaurus en de T. rex rukte de krachtige Spinosaurus-animatronic per ongeluk de kop van de T. rex-animatronic af.
Paleontoloog Jack Horner overtuigde de filmmakers om de T. rex te vervangen door de grotere Spinosaurus als hoofdantagonist, en vanwege nieuwe wetenschappelijke inzichten kregen de mannelijke velociraptors in de film voor het eerst verenachtige structuren op kop en nek.
Omdat John Williams bezig was met de muziek voor A.I. Artificial Intelligence, beval hij Don Davis aan om de score van Jurassic Park III te componeren, die Williams' originele thema's combineerde met nieuwe thema's zoals een laag, met tuba's en trombones gespeeld thema voor de Spinosaurus.
Scènes met een pterosauriërsvoliere en een aanval van een T. rex op een vlot komen uit de oorspronkelijke roman Jurassic Park (1990) van Michael Crichton, maar werden niet gebruikt in de eerste filmadaptatie en pas in Jurassic Park III opgenomen.
Jurassic Park III is met 92 minuten de kortste film uit de franchise, en met 368,8 miljoen dollar wereldwijd tegelijk de minst winstgevende film van de originele trilogie, ondanks dat het een kassucces was.
