s-CRY-ed

Het verhaal speelt zich af in een gewelddadig gebied genaamd Lost Ground. Kazuma, een avontuurlijke en strijdlustige man, draagt een gen genaamd "Alter". Dit gen geeft iemand bovennatuurlijke krachten, waardoor iedereen een hoger niveau kan bereiken. Hij zorgt ook voor een meisje genaamd Yuta. Bovendien is er een organisatie (HOLY) die dit gen voor eigen doeleinden wil uitbuiten. Nadat Kazuma een verpletterende nederlaag heeft geleden tegen HOLY-leider Ryohou, is zijn haat jegens hen aanzienlijk toegenomen. Ware het niet voor zijn goede vriend Kimishima, die hem altijd uit de problemen helpt. Bovendien schuilt er een geheim achter Kazuma's identiteit...