Próby adaptacji powieści Ludluma rozpoczęły się w 1981 roku, a Warner Bros. ostatecznie planował wersję reżyserowaną przez Jacka Claytona ze Burtem Reynoldsem, które nigdy nie posunęła się naprzód, ponieważ Reynolds był niezainteresowany; zamiast tego adaptacja telewizyjna zostały wyemitowana na ABC w 1988 roku.
Reżyser Doug Liman, długoletni fan powieści, postanowił opracować film pod koniec produkcji swojego poprzedniego filmu Swingers w 1996 roku, ale musiał czekać latami, aż prawa powrócą od Warner Bros.
Scenarzysta Tony Gilroy początkowo nie lubił powieści Ludluma i odrzucił projekt, nazywając wcześniejszą wersję Davida Selfa filmem o typie "ogromna piętnastu-mężczyzn-w-metrze", zanim zgodził się przepisać scenariusz, zachowując tylko główną przesłankę amnezyjnego mordercy.
Postać Alexandra Conklina i portret programu Treadstone były inspirowane wspomnieniami ojca reżysera Douga Limana, Arthura L. Limana, na temat pełnienia funkcji głównego radcy prawnego w śledztwie Senatu w sprawie Iran-Contra, przy czym Conklin był częściowo oparty na wspomnieniach Olivera Northa.
Ponieważ Carlos Szakal został schwytany i więziony w rzeczywistości w 1994 roku, nie mógł być użyty jako antagonista filmu, jak w powieści, skłaniając Gilroya do wymyślenia Treadstone i Conklina jako głównych antagonistów.
Ze względu na obawy dotyczące recepcji filmu po atakach z 11 września producent Frank Marshall nakręcił alternatywne zakończenie, w którym Ward Abbott oferuje przywrócenie Bourne'a do CIA, ale zostało ono wycięte z wydania kinowego, ponieważ było zbyt tonalnie odmienne.
Zanim Matt Damon został obsadzony, Doug Liman zwrócił się do Brada Pitta (który odmówił, aby zamiast tego zagrać w filmie Spy Game), jak również do Russella Crowe'a, Arnolda Schwarzeneggera, Toma Cruise'a i Sylvestra Stallone'a na rolę Jasona Bourne'a.
Sarah Polley była pierwotnie przeznaczona na rolę Marie, ale po tym, jak odmówiła, a zamiast niej obsadzono Frankę Potente, postać została przepisana z kanadyjskiej ekonomistki na niemiecką włóczęgę.
Matt Damon przeszedł trzy miesiące intensywnego szkolenia w akrobatyce filmowej, obsłudze broni, boksie i filipińskiej sztuce walki eskrima ze stunt koreografem Nickiem Powellem i wykonał wiele swoich własnych kaskad, w tym wspinaczkę na ściany bezpiecznego domu pod koniec filmu.
William Blake Herron został sprowadzony, aby przepisać scenariusz Tony'ego Gilroya z większą ilością akcji, ale większość jego zmian została wycięta, gdy Matt Damon zagrozil, że zrezygnuje z roli, jeśli by je użyto; Herron mimo wszystko otrzymał kredyt za napisanie otwarcia, które napisał.
Liman nalegał na kręcenie we Francji zamiast tańszej opcji Montrealu, mimo że oznaczało to, że głównie frankofońska ekipa nie mogła zrozumieć angielskojęzyczną obsadę i reżysera.
Oryginalny producent Richard N. Gladstein opuścił produkcję na wczesnym etapie z powodu ciąży swojej żony, powodując opóźnienia, aż Frank Marshall go zastąpił.
Ekstensywne późne ponowne kręcenia i przepisania scenariusza przesunęły datę premiery z września 2001 na czerwiec 2002 i zwiększyły budżet filmu o 8 milionów dolarów ponad oryginalny budżet 60 milionów dolarów, przy czym Gilroy faksował przepisane scenariusze podczas całej produkcji.
Po słabych reactions testowej publiczności, studio naciskało na bardziej obfitą w akcję finale Paryża obejmującą dużą eksplozję, ale to zakończenie ostatecznie zostało wycięte, ponieważ studio uważało, że eksplozja była niestosowna po 11 września.
Liman często obsługiwał kamerę sam podczas kręcenia, aby stworzyć bardziej intymne połączenie z aktorami i materiałem, nawyk z jego przeszłości jako niezależnego filmowca.
Chwaloony paryski pościg samochodowy został nakręcony głównie przez drugą jednostkę prowadzoną przez reżysera Alexandra Witta, używając różnych rozłącznych lokalizacji w mieście, zmontowanych razem, aby stworzyć iluzję jednej ciągłej podróży; Liman przyznał się, że "każdy, kto naprawdę zna Paryż, uzna to za nielogiczne".
Sceny kręcone w konsulacie amerykańskim używały prawdziwych strażników bezpieczeństwa marines patrolujących role strażników konsulatów.
Kompozytor Carter Burwell pierwotnie nagrał tradycyjną orkiestrową ścieżkę dźwiękową do filmu, ale reżyser Doug Liman ją odrzucił; John Powell został sprowadzony potem i, ponieważ większość budżetu muzycznego została już wydana, wstępnie zaproponował głównie nieorkestracyjną ścieżkę dźwiękową, używając perkusji, gitar i elektroniki, później dodając struny dla jakości kinematycznej.
Wydanie DVD filmu przewyższyło Harry'ego Pottera i Kamień Filozoficzny w zakresie najwyższych dochodów z wynajmu DVD, zarabiając 22,7 miliona dolarów, rekord, który utrzymywało siedem miesięcy, dopóki The Lord of the Rings: Dwie Wieże go nie pokonała w sierpniu 2003 roku.
