Producenci Brandywine (David Giler, Walter Hill, Gordon Carroll) nie chcieli powielać schematu poprzednich filmów i pierwotnie planowali historię o skorumpowanym koncernie Weyland-Yutani rozwijaną w dwóch częściach, w której to Hicks miał być głównym bohaterem, a Ripley pojawić się jedynie gościnnie.
Pisarz cyberpunkowy William Gibson napisał pierwszą wersję scenariusza, w której Sulaco trafia w ręce komunistycznego 'Związku Postępowych Narodów', a sam autor żartobliwie streścił swój scenariusz jako 'komuchy z kosmosu porywają jaja obcych - wielki problem w Mallworld'.
Scenarzysta Eric Red, twórca kultowych horrorów 'Autostopowicz' i 'Blisko ciemności', sam wyparł się swojego szkicu do Alien 3, nazywając go 'jedynym scenariuszem, którego się wypieram, bo to nie był mój scenariusz' - efektem pośpiechu i licznych narad.
Reżyser Vincent Ward zaproponował koncepcję lądowania kapsuły Ripley na drewnianym, klasztornym satelicie zamieszkanym przez ludzi ery neolitu, ale studio odrzuciło ten pomysł jako zbyt artystyczny, a Ward został zwolniony z projektu tuż przed rozpoczęciem zdjęć.
Sigourney Weaver zażądała gaży w wysokości 4-5 milionów dolarów, kredytu współproducenckiego oraz nalegała, by fabuła nie opierała się głównie na broni palnej.
David Fincher pierwotnie zaproponował rolę Clemensa Richardowi E. Grantowi, licząc na ponowne połączenie go na planie z kolegami z 'Withnail i ja' - Ralphem Brownem i Paulem McGannem.
Fincher chciał obsadzić Gary'ego Oldmana w filmie, ale ostatecznie 'nie udało im się dogadać'.
Carrie Henn, odtwórczyni roli Newt w 'Obcy: Decydujące starcie', nie mogła powrócić do roli ze względu na wiek, więc jej krótkie sceny (w kriokapsule i podczas autopsji) zagrała Danielle Edmond.
Zdjęcia rozpoczęły się 14 stycznia 1991 roku w studiu Pinewood bez ukończonego scenariusza, a na produkcję wydano już 7 milionów dolarów.
Operator obrazu Jordan Cronenweth, cierpiący na chorobę Parkinsona, pracował na planie jedynie przez dwa tygodnie, zanim choroba uniemożliwiła mu kontynuację - zastąpił go Alex Thomson.
Aktor Michael Biehn, dowiedziawszy się, że pierwotnie planowano zabić jego postać przy użyciu naturalnej wielkości manekina opartego na jego wizerunku (bez jego zgody), zażądał i otrzymał niemal tak wysokie wynagrodzenie za wykorzystanie archiwalnego zdjęcia w scenie raportu katastrofy EEV, jak za całą rolę w 'Obcych'.
H.R. Giger, twórca oryginalnego projektu Obcego, został poproszony o nowe szkice stworzenia bardziej przypominającego 'pumę lub bestię' - jego jedynym pomysłem wykorzystanym w filmie był tzw. 'Bambi Burster', poruszający się na czterech długich nogach.
Fincher zaproponował ubranie charta włoskiego w kostium obcego do zdjęć na planie, ale efekt uznano za zbyt komiczny i pomysł porzucono na rzecz kukiełki sterowanej prętami.
Zniszczonego androida Bishopa zrealizowano wyłącznie za pomocą animatroniki, a podczas kręcenia scen z nim odtwarzano nagrany głos Lance'a Henriksena, by pomóc Sigourney Weaver w grze.
Kompozytor Elliot Goldenthal spędził rok nad tworzeniem muzyki, a nagrania odbywały się podczas zamieszek w Los Angeles w 1992 roku, co według niego wpłynęło na mroczny charakter ścieżki dźwiękowej.
David Fincher wyparł się filmu, mówiąc w 2009 roku 'Nikt nie nienawidził go bardziej niż ja; do dziś nikt nie nienawidzi go bardziej niż ja', obwiniając producentów za brak zaufania do niego.
James Cameron nazwał decyzję o zabiciu postaci Bishopa, Newt i Hicksa 'policzkiem' wymierzonym jemu i fanom poprzedniego filmu, obwiniając 20th Century Fox za oddanie Fincherowi 'wielkiego bałaganu na talerzu'.
W 2003 roku wydano rozszerzoną wersję 'Assembly Cut' (144 minuty) opartą na notatkach montażowych Finchera, lecz bez jego udziału - m.in. w tej wersji Obcy wykluwa się z martwego wołu zamiast z psa, a losy więźnia Golica zostają dopowiedziane.
