Macross Plus powstało jako część tzw. „czterech wielkich projektów Macrossa”, obejmujących także film aktorski, który ostatecznie nigdy nie powstał.
Producent Minoru Takanashi przekonał Shoji Kawamoriego, by po dziesięciu latach unikania powrotu do serii Macross stworzył jednocześnie dwa kontrastujące projekty: bardziej realistyczne Macross Plus oraz nastawione na muzykę Macross 7, nazywane przez twórcę odpowiednio „niebieskim” i „czerwonym” Macrossem.
Reżyser Shinichiro Watanabe zadebiutował przy Macross Plus jako reżyser – wcześniej marzył o kinie aktorskim i został zaangażowany, by wspierać niedoświadczonego jeszcze na planie Kawamoriego oraz wnosić nowe pomysły.
Na twórców wpłynęło rozczarowanie OVA Macross II: Lovers Again z 1992 roku, powstałym bez udziału Studio Nue – Ichiro Itano przyznał, że bez tamtego doświadczenia nigdy nie zaangażowałby się w Macross Plus.
Reżyser Kawamori i reżyser efektów specjalnych Ichiro Itano polecieli do USA i osobiście odbyli symulowane walki powietrzne na samolotach szkolnych NATO w ośrodku Air Combat USA, by lepiej oddać realizm scen lotniczych; Itano celowo poddał się wtedy przeciążeniom aż do utraty przytomności (blackout).
Aby aktorzy głosowi lepiej oddali trudności mówienia pod wpływem przeciążeń, Itano kazał im nagrywać kwestie podczas jazdy kolejką górską w parku rozrywki Korakuen, co zauważalnie zmieniło ich sposób gry od drugiego odcinka.
Ujęcie unikania rakiet przez Gulda w odcinku 1 zostało narysowane ręcznie przez Itano na tak dużej liczbie plansz, że nie mieściły się w standardowej teczce na materiały i trzeba było użyć kartonowego pudła.
Praca nad sceną finałowej walki Gulda z dronem Ghost była tak wyczerpująca dla Itano, że dostał półpaśca i miał problemy ze snem, co skłoniło go do stopniowego przejścia z rysunku ręcznego na grafikę komputerową.
Macross Plus było pierwszą produkcją, w której Shoji Kawamori zastosował komputerową grafikę (CG) w anime, zainspirowany wizytą w amerykańskim studiu Colossus, gdzie dziesiątki osób taniej wykonywało cyfrowe malowanie klatek niż tradycyjnymi metodami.
Fala mózgowa Gulda pokazana w odcinku 1 to rzeczywisty zapis fal mózgowych grafika Yoshinori Sayamy, zarejestrowany na komputerze Macintosh.
Yoko Kanno skomponowała ścieżkę dźwiękową do Macross Plus jako swój pierwszy samodzielny soundtrack do anime, łącząc house, technikę, ambient, muzykę religijną i etniczną oraz symfonię bez narzuconych jej wytycznych gatunkowych.
Utwory orkiestrowe nagrywano w Tel Awiwie z udziałem Izraelskiej Orkiestry Filharmonicznej, rejestrując dźwięk w systemie dwukanałowym w jednym ujęciu na sali koncertowej.
Yoko Kanno przyznała, że muzykę Sharon Apple komponowała z zamiarem dosłownego „zahipnotyzowania” słuchacza, a po premierze otrzymała niepokojące relacje fanów, m.in. że jeden z nich wstąpił do wojska po usłyszeniu utworu, a inny rozważał samobójstwo pod jego wpływem.
Reżyser, scenarzystka i kompozytorka poznani przy produkcji Macross Plus – Shinichiro Watanabe, Keiko Nobumoto i Yoko Kanno – połączyli siły ponownie przy tworzeniu serialu Cowboy Bebop.
Aktor Unshō Ishizuka (Guld) został obsadzony bez przesłuchania – Kawamori wybrał go wyłącznie ze względu na brzmienie jego głosu.
Projekt myśliwca YF-21 pilotowanego przez Gulda nawiązuje do amerykańskiego prototypu YF-23 z konkursu Advanced Tactical Fighter, a cała rywalizacja YF-19 kontra YF-21 jest inspirowana rzeczywistym konkursem YF-22 kontra YF-23, w którym zwyciężył YF-22 (późniejszy F-22 Raptor).
W jednej ze scen pojawia się okładka pierwszej płyty Aphex Twin „Selected Ambient Works 85-92”, mimo że artysta był wtedy w Japonii mało znany; autor logo z tej okładki, Paul Nicholson, później zaprojektował także symbole „Śmiejącego się Człowieka” w Ghost in the Shell: Stand Alone Complex.
W ankiecie popularności całej serii Macross przeprowadzonej przez NHK BS Premium w 2019 roku myśliwiec YF-19 zajął pierwsze miejsce w kategorii mechów spośród wszystkich wersji Macrossa.
