A ideia da série nasceu do conceito Lego Ninja de 1998, substituído em 2000 por Lego Knights; em 2011, Lego Ninjago reviveu essas ideias (dragões, fortalezas), combinando-as com um cenário moderno.
Durante o desenvolvimento do conceito, Lego conduziu pesquisas etnográficas com crianças para determinar quais heróis lhes interessavam mais; ninjas se mostraram a escolha mais forte em comparação com super-heróis.
Esqueletos foram escolhidos como principais vilões — segundo pesquisas com meninos de seis anos, que os consideraram os mais assustadores e fantásticos; cobras e robôs foram rejeitados inicialmente, mas utilizados posteriormente em temporadas seguintes.
O primeiro conceito foi criado por Tommy Andreasen no final de 2009 — um desenho com cinco ninjas dos elementos e seus tornados elementares, assinado com o nome de trabalho 'Spinjago', que mais tarde se transformou em 'Spinjitzu'.
O nome da marca Ninjago foi formado pela fusão das palavras 'ninja' e 'go', sendo 'go' tirado do final da palavra 'Lego'.
Os roteiristas Kevin e Dan Heegeman entraram no projeto após uma bem-sucedida sessão de pitch para o futuro filme The Lego Movie; em seguida, foi-lhes proposto escrever um especial de TV de 44 minutos sobre ninjas, que decidiram transformar em uma grande saga no estilo 'Guerra nas Estrelas com ninjas'.
A personagem Nya foi criada pelos irmãos Heegeman especificamente para dar a Kai uma motivação emocional para se tornar um ninja — sua irmã é sequestrada por um senhor maligno, e para que a série agradasse igualmente a meninos e meninas.
A ideia do personagem Lloyd Garmadon, filho de Garmadon, foi proposta pelos irmãos Heegeman; logo após, os criadores perceberam que seria ele o Ninja Verde, e construíram esse mistério ao longo de dez episódios.
Os primeiros dez períodos foram produzidos em Copenhague pelo estúdio Wil Film ApS, e a partir da décima primeira temporada, a produção foi transferida para WildBrain Studios no Canadá, o que também foi acompanhado pela mudança do nome da série para simplesmente Ninjago.
Devido a problemas de qualidade com o contratado Global Digital Creations durante o trabalho na sétima temporada, Wil Film ApS contratou o estúdio Xentrix Studios para a animação das temporadas 8 a 10.
Com o lançamento de Secrets of the Forbidden Spinjitzu, o tempo dos episódios foi reduzido de 22 para 11 minutos, o que causou descontentamento em parte dos fãs, embora os criadores considerassem o novo formato mais fresco criativo.
Na oitava temporada, os personagens receberam um design atualizado inspirado em suas versões do filme The Lego Ninjago Movie; enquanto isso, o ator de voz de Lloyd foi substituído de Gillian Michaels para Sam Vincent, enquanto os outros ninjas mantiveram seus atores.
Os compositores Jay Vincent e Michael Kramer seguiram uma regra: vilões geralmente correspondiam a instrumentos de cordas e percussão, enquanto heróis positivos correspondiam a instrumentos de sopro, para enfatizar o contraste entre o bem e o mal através da música.
O tema principal da série Ninjago Overture nasceu de uma faixa de ação que Michael Kramer tinha escrito anteriormente e que ele e Jay Vincent consideraram perfeita para o show; inicialmente foram contratados apenas para algumas faixas, mas acabaram escrevendo a música para todo o especial piloto.
A música The Weekend Whip do grupo The Fold foi criada como uma faixa que poderia ser ouvida separadamente da série, descrita como 'a dança que os ninjas dançam nos finais de semana'; uma versão demo foi incluída já na temporada piloto, e a gravação em estúdio foi feita um ano depois.
A série e a linha de brinquedos foram inicialmente planejadas para apenas três anos, e o final da segunda temporada era concebido como o encerramento da história — com a transformação de Lloyd em um 'Ninja Dourado' e a vitória sobre o Senhor Supremo; porém, devido ao enorme sucesso comercial do produto Lego, a série continuou por mais treze temporadas, um especial, um longa-metragem e uma minissérie.
