Após o cancelamento de Quantum Leap, Donald P. Bellisario mudou-se da Universal para a Paramount e começou a escrever um roteiro de mistério de assassinato a bordo de um porta-aviões, inspirado na introdução de pilotas de caça e no escândalo Tailhook.
Ao pesquisar quem investigava crimes a bordo de navios da Marinha, Bellisario descobriu que os agentes do NCIS faziam o papel policial, enquanto os advogados uniformizados do Corpo de Juízes Advogados podiam atuar tanto como promotores, defensores quanto investigadores, o que o levou a escolher esses advogados como protagonistas.
Na NBC, o presidente da costa oeste Don Ohlmeyer queria mais ação do que drama jurídico e impôs uma nova protagonista feminina, Tracey Needham, substituindo Andrea Parker, que tinha atuado no telefilme piloto.
Andrea Parker deixou a série após o piloto para protagonizar The Pretender, sendo mais tarde substituída definitivamente por Catherine Bell no papel de Mac.
A partir da terceira temporada, a produção mudou-se dos estúdios da Paramount na Melrose Avenue para o Valencia Studios em Santa Clarita, para economizar custos e investir mais orçamento na tela; o spin-off NCIS permaneceu no mesmo local e chegou a ser filmado lado a lado com JAG.
Embora a série se passasse em cenários globais, quase tudo era filmado no sul da Califórnia; locais como o Park Plaza Hotel serviam de hotel em Moscou, a Floresta Nacional de Angeles representava a taiga siberiana e o Shrine Auditorium substituía cenários do Bahrein e do Oriente Médio, com efeitos de CGI usados para remover palmeiras e placas de carro californianas.
Entre 12 e 14 de julho de 1999, os atores David James Elliott, Catherine Bell e Patrick Labyorteaux, junto com a equipe, filmaram cenas a bordo do porta-aviões nuclear USS John C. Stennis para os três primeiros episódios da quinta temporada.
Inicialmente o Departamento de Defesa dos EUA se recusou a cooperar com a produção devido à sensibilidade após o escândalo Tailhook, mas a Paramount contornou isso usando imagens de arquivo de filmes militares como Top Gun e The Hunt for Red October; a partir de 1997 a Marinha e o Corpo de Fuzileiros Navais passaram a apoiar a produção caso a caso.
Muitos episódios se inspiravam em casos reais, como o atentado ao USS Cole, o resgate do piloto Scott O'Grady, o acidente do teleférico de Cavalese e o incidente de Kelly Flinn, ao estilo de séries como Law & Order.
O senador Edward Sheffield, personagem interpretado por Dean Stockwell na série First Monday (também co-criada por Bellisario), tornou-se um personagem recorrente em JAG a partir da oitava temporada como o novo Secretário da Marinha.
O sitcom Yes, Dear fez uma homenagem a JAG em um episódio no qual o personagem Tom ganha uma participação na série, com Catherine Bell interpretando a si mesma e outros atores reprisando seus papéis de JAG.
No sitcom Bette, de Bette Midler, um episódio mostrou sua personagem ganhando um prêmio por uma participação especial em JAG, com David James Elliott aparecendo na cena dentro do episódio.
NCIS nasceu de um episódio duplo de JAG, 'Ice Queen' e 'Meltdown', usado como piloto disfarçado; esses episódios foram editados num filme piloto de uma hora chamado 'NCIS – The Beginning', exibido apenas uma vez e nunca lançado em home video.
A crítica Virginia Heffernan, na revista Slate, descreveu JAG como propaganda militar de direita, comparando seu tom ao de romances de realismo socialista.
A revista ABA Journal classificou JAG em 13º lugar em sua lista de 2009 das 25 maiores séries jurídicas de todos os tempos.
O resultado do lance de moeda que encerrou a série só foi revelado 14 anos depois, no final da décima temporada de NCIS: Los Angeles em 2019, quando David James Elliott e Catherine Bell retomaram seus papéis de Harm e Mac.
