A ideia do filme nasceu durante a turnê de promoção internacional de Red Dragon em 2002, quando jornalistas sugeriram fazer um filme sobre o jovem Hannibal Lecter. A produtora Martha De Laurentiis então pediu a Thomas Harris que escrevesse tanto o romance quanto o roteiro.
Dino De Laurentiis, que detinha os direitos do personagem, ameaçou Thomas Harris de confiar o projeto a outra pessoa se ele recusasse escrever a prequela, o que levou Harris a aceitar.
Em maio de 2003, no Festival de Cannes, o projeto ainda era intitulado The Lecter Variation, com o subtítulo The Story of Young Hannibal Lecter, e Dino De Laurentiis considerava fazer Hannibal ser interpretado por quatro atores diferentes representando as idades de 12, 16, 20 e 25 anos.
Muitos atores fizeram testes ou foram cogitados para o papel de Hannibal Lecter antes de Gaspard Ulliel, incluindo Hugh Dancy, Macaulay Culkin, Dominic Cooper, Tom Payne, Hayden Christensen, Rupert Friend e Tom Sturridge. Hugh Dancy interpretaria posteriormente Will Graham na série de televisão Hannibal (2013-2015).
Gaspard Ulliel foi descoberto por Dino De Laurentiis depois de vê-lo em Um Longo Domingo de Noivado (2004), exclamando então "Gaspard, você nasceu para ser Hannibal Lecter!". Ulliel havia recusado o papel várias vezes antes de se deixar convencer, julgando o projeto muito arriscado.
Gong Li quase não conseguiu o papel de Lady Murasaki por causa de um conflito de agenda com a filmagem de Miami Vice (2006); o cronograma de filmagem de Hannibal Rising teve de ser modificado para mantê-la no filme.
Rhys Ifans, então principalmente conhecido por seus papéis cômicos, foi escolhido para interpretar o assassino Vladis Grutas depois de impressionar o diretor sem nem mesmo fazer uma audição formal, sendo que este último queria distribuí-lo justamente contra seu tipo de papel.
O ator sueco Mikael Persbrandt tinha sido procurado para interpretar um dos soldados que comeram a irmã de Hannibal, mas teve de recusar por causa de conflitos de agenda; o diretor lhe prometeu um papel em um eventual segundo filme sobre o jovem Hannibal se este tivesse sucesso.
O ator francês Denis Ménochet, que havia vindo simplesmente visitar seu amigo Gaspard Ulliel no set em Praga, recebeu um pequeno papel de policial no filme nos últimos minutos, uma oportunidade que ele deve na realidade a Ulliel ele mesmo, embora este nunca tenha lhe confessado.
A filmagem principal começou em Praga em 10 de outubro de 2005 nos estúdios Barrandov, com cenas também filmadas na França e na Lituânia; terminou no início de fevereiro de 2006 após 14 semanas. O castelo usado para a mansão dos Lecter é o Castelo de Kost, no distrito de Jičín na República Tcheca.
Dois objetos foram roubados no set: uma cabeça falsa de borracha usada para a cena em que Hannibal decapita Dortlich, e um pênis de borracha proveniente de um manequim usado em uma cena de morgue.
Gaspard Ulliel tinha tido apenas um mês e meio de aulas de inglês antes da filmagem, tendo o calendário de ser acelerado para se adaptar à disponibilidade de Gong Li; ele reconheceu ter tido dificuldade em se livrar da ideia de seu sotaque.
Para se preparar, Gaspard Ulliel foi enviado pelo diretor para assistir a aulas de anatomia em uma faculdade de medicina em Praga durante vários dias, e até pediu para assistir a uma autópsia em um corpo fresco, pedido que finalmente não pôde ser atendido por falta de tempo.
Para a cena de combate com sabre, Gaspard Ulliel treinou durante uma semana com um professor de quedo e também com Gong Li ela mesma.
Um encontro entre Gaspard Ulliel e Anthony Hopkins havia sido considerado pelos produtores para que o jovem ator pudesse conversar sobre o papel com aquele que interpretava o Hannibal Lecter adulto, mas nunca aconteceu por falta de disponibilidade de Hopkins. Também tinha sido questionado se Hopkins narraria o filme, o que finalmente não ocorreu.
Segundo o diretor Peter Webber, várias cenas violentas foram cortadas antes da apresentação do filme à comissão de classificação, consideradas muito fortes; uma versão não censurada, dez minutos mais longa, foi posteriormente oferecida em DVD.
O filme foi indicado a dois Prêmios Razzie, pela pior prequela ou sequência e pela pior desculpa para um filme de horror, sem conquistar nenhum.
