O final ambíguo da série de TV Neon Genesis Evangelion (1995-1996) deixou espectadores e críticos confusos e insatisfeitos, sendo considerado por muitos como falho e incompleto, o que motivou a criação de um final alternativo em cinema.
Diante da insatisfação de parte dos fãs com o final da série de TV, o diretor Hideaki Anno chegou a receber ameaças de morte, mas ele e o diretor assistente Kazuya Tsurumaki defenderam a integridade artística do desfecho original.
O filme deveria originalmente ser todo exibido como o segmento 'Rebirth' dentro do longa anterior Death & Rebirth, mas restrições de orçamento e tempo impediram sua conclusão a tempo, obrigando a Gainax a lançá-lo separadamente no verão de 1997 como The End of Evangelion.
As cenas com imagens reais (live-action) usadas no filme foram filmadas, entre outros locais, no cinema Shinjuku Milano-za e na região da estação de Chitose-Karasuyama, com trechos de rua comercial.
Anno explicou que optou por incluir imagens reais de paisagens e do público de cinema porque queria que o espectador tomasse consciência da própria realidade, comparando essas imagens a um espelho voltado para o público.
As cartas de fãs, postagens de internet e pichações no GAINAX SHOP mostradas no filme foram recriadas pela equipe a partir de cartas, e-mails, mensagens em redes de computador e comentários em sites reais enviados à Gainax.
Na cena em que Shinji é enviado para o Evangelion Unidade 01, a fala original seria algo como 'no fim eu não devia ter vindo', mas a dubladora de Shinji, Megumi Ogata, argumentou a Anno que isso seria injusto com todos que estavam lutando, e a fala foi alterada para expressar a impotência de Shinji em pilotar o Eva.
Sobre a cena final em que Shinji estrangula Asuka, a dubladora Megumi Ogata revelou que a ideia se baseou no relato de uma conhecida de Anno, enquanto a dubladora de Asuka, Yuko Miyamura, contou ter tido dificuldade para saber como reproduzir o som de alguém sendo estrangulado, a pedido de Anno.
A última fala do filme, dita por Asuka, originalmente seria algo como 'não quero ser morta por alguém como você', mas após várias tentativas que não convenceram Anno, ele perguntou a Miyamura como ela reagiria se despertasse sendo observada por um estranho enquanto dormia; a resposta espontânea dela, 'que nojento', foi então usada na versão final.
Segundo Anno, a imagem final do filme foi influenciada pela cena de encerramento do mangá 'Ankoku Shinwa' de Daijiro Morohoshi, em que o protagonista contempla uma estátua de Kannon com cabeça de cavalo; já o rosto alongado de Rei Ayanami em certa cena foi inspirado em uma criatura do mangá 'Yōkai Hunter'.
O título do episódio 25, 'Air', faz referência à peça 'Ária na Corda Sol' (Air), do terceiro movimento da Suíte para Orquestra n.º 3 de Johann Sebastian Bach, usada como trilha do episódio.
O título japonês do episódio 26, 'Magokoro wo, Kimi ni', foi inspirado no título japonês do filme baseado no romance 'Flores para Algernon', de Daniel Keyes.
O filme arrecadou cerca de 1,45 bilhão de yenes no Japão entre o lançamento em julho de 1997 e outubro do mesmo ano, e recebeu prêmios como o Animage Anime Grand Prix de 1997 e o Prêmio de Maior Sensação Pública do Ano da Academia Japonesa de Cinema.
Uma faixa vocal chamada 'Everything You've Ever Dreamed', cantada pela mesma vocalista de 'Komm, süsser Tod' (Arianne), foi gravada para o filme mas não chegou a ser utilizada, sendo lançada posteriormente no álbum 'Refrain of Evangelion'.
