Создатель сериала Дональд П. Беллисарио четыре года прослужил в морской пехоте США и придерживался последовательно проармейской позиции, считая, что в индустрии обычно преобладают антивоенные настроения.
После закрытия своего сериала «Квантовый скачок» Беллисарио перешёл из Universal в Paramount и начал работу над сценарием об убийстве на борту авианосца ВМС США, вдохновлённым появлением женщин-пилотов палубной авиации и скандалом Tailhook.
Изучая, кто расследует преступления на военных кораблях, Беллисарио узнал, что специальные агенты NCIS выполняют роль полиции, а военные юристы могут выступать и защитниками, и обвинителями, и следователями — это и определило выбор героев сериала.
На NBC вице-президент западного побережья Дон Ольмейер настоял на замене актрисы Андреа Паркер, снявшейся в пилотном фильме, на Трейси Нидэм в качестве новой женской ведущей роли.
После отмены на NBC и подхвата сериала CBS Беллисарио получил больше творческой свободы, а смена руководства (президент CBS Лес Мунвз) позволила переориентировать сериал с экшна на историю персонажей.
С третьего сезона производство перенесли со студии Paramount на Мелроуз-авеню в Голливуде на Valencia Studios в Санта-Кларите ради экономии бюджета; там же позже бок о бок снимался спин-офф NCIS.
Несмотря на глобальный масштаб действия сериала, съёмки почти всегда велись в Южной Калифорнии: например, отель Park Plaza изображал московскую гостиницу, Angeles National Forest — сибирскую тайгу, а Shrine Auditorium — локации на Ближнем Востоке.
Благодаря компьютерной графике с кадров убирали пальмы и калифорнийские номерные знаки, и иностранные зрители писали письма с вопросом, когда сериал будет сниматься в их городах, думая, что съёмки действительно проходят за рубежом.
С 12 по 14 июля 1999 года три ведущих актёра — Эллиотт, Белл и Лабиорто — вместе со съёмочной группой снимали сцены прямо на борту атомного авианосца USS John C. Stennis для первых трёх эпизодов пятого сезона.
Изначально Министерство обороны США отказывалось сотрудничать с создателями сериала из-за скандала Tailhook, поэтому команда использовала архивные кадры из фильмов Paramount, включая «Топ Ган» и «Охоту за «Красным Октябрём»».
В 1997 году военные, особенно морская пехота, начали активнее помогать съёмочной группе, при условии, что в сюжетах виновных всегда наказывают, а сам институт ВМС не выставляется злодеем.
Спин-офф NCIS был представлен через двухсерийный пилот «Ice Queen» и «Meltdown» в апреле 2003 года, где коммандера Рэбба обвиняют в убийстве, но затем оправдывают; смонтированная версия под названием «NCIS — The Beginning» использовалась только для презентации сериала телеканалу и рекламодателям и никогда не выходила в широкий эфир.
Пасынок Дональда Беллисарио, Шон Мюррей, сыграл эпизодическую роль энсина в четвёртом сезоне и повторяющегося персонажа Дэнни Уолдена в шестом, а затем вошёл в основной актёрский состав NCIS в роли Тима МакГи.
Персонаж сенатора Эдварда Шеффилда (Дин Стоквелл) впервые появился в сериале «Первый понедельник», также созданном Беллисарио, а затем стал повторяющимся персонажем в JAG в роли нового министра ВМС начиная с восьмого сезона.
Судьбу подброшенной монеты из финала сериала (кто из героев уйдёт с военной службы ради другого) раскрыли только в 2019 году в финале десятого сезона NCIS: Los Angeles, куда вернулись Дэвид Джеймс Эллиотт и Кэтрин Белл.
Журналистка Вирджиния Хеффернан в издании Slate резко раскритиковала сериал как «правую военную пропаганду», отмечая, что эпизоды обычно начинаются с намёка на вину военных, но в итоге всегда оправдывают и институт, и офицеров.
В августовском номере ABA Journal за 2009 год сериал занял 13-е место в списке «25 величайших юридических телешоу всех времён».
