Macross Plus, Macross 7 dizisi ile paralel olarak "4 Macross Projesi" çerçevesinde tasarlanmıştır: Yapımcı Minoru Takanashi, Shōji Kawamori'den franchise'ı yeniden başlatmasını istediğinde, Kawamori aynı anda iki karşıt konsepti tasarlamıştır (şarki odaklı Macross 7 ve gerçekçi mecha odaklı Macross Plus) ve yalnızca ikisi de birlikte üretilirse kabul etmiştir.
Kawamori'ye göre, Studio Nue'nin katılımı olmaksızın yapılan OAV Macross II -Lovers Again- (1992)'nin varlığı Macross Plus'un yaratılmasını motive etmiştir; Ichirō Itano, Macross II olmaksızın bu yeni projeye katılmayacağını ve Macross II'nin diziye ilişkin vizyonlarına karşılık gelmediğini düşündüğünü belirtmiştir.
Kawamori, Macross Plus'u "mavi Macross" (soğuk, gökyüzü ve uzay) ve Macross 7'yi "kırmızı Macross" (sıcak, alev) olarak görüyor, iki dizi kasıtlı olarak araçların ortak hattını paylaşarak mechaların eş zamanlı üretimini mümkün kılıyordu.
Guld Goa Bowman rolü, Kawamori tarafından doğrudan oyuncu Unshō Ishizuka'ya, sesini "cool" bulduğu için sadece oyuncu seçimi yapılmaksızın verilmiştir.
İlk yönetmen işini burada imzalayan Shin'ichirō Watanabe başlangıçta gerçek film çekmek istiyordu; Kawamori onu plato çalışmasını iyi bildiği ve iyi yaratıcı içgüdüsü olduğu için işe aldı, ancak gerçekte yönetmenliğin çoğunu bizzat kendi üstlendi.
Hava savaşı sahnelerini hazırlamak için Kawamori ve Itano Amerika Birleşik Devletleri'ne gittiler ve Air Combat USA'da havacılık senesinde NATO eğitim uçaklarını kendileri pilot ettiler, animasyonu beslemek için gönüllü olarak G-kuvvetine maruz kaldılar.
Ses oyunlamayı G altında daha gerçekçi yapmak için Itano, dublaj oyuncularını Kōrakuen'deki dönme dolambaçlarına çıkardı, repliklerini söylemelerini istedi, bu da 2. bölümden itibaren konuşma biçimlerini değiştirdi.
Itano'nun aksiyon sahneleri (Guld'un füze kaçış manevrası da dahil olmak üzere tamamen onun tarafından elle çizilen, çok sayıda yaprak normal kartonlara sığmıyordu) üzerindeki yoğun çalışması ona uyuz hastalığına neden olmuş ve uyuyamadığı için daha sonra CGI'ya doğru evrilmesini sağlamıştır.
Film versiyonunda YF-21'in Ghost X-9'un tüm füzelerinden kaçtığı nihai sahne, "efsanevi 5 saniye" olarak adlandırılır ve sadece 5 saniye animasyon için 116 selüloit gerekmiştir.
Macross Plus, Kawamori'nin CGI'ı animasyona tanıttığı ilk eserdir; işinin ardından Amerika Birleşik Devletleri'ndeki Colossus stüdyosunu ziyaret ettikten sonra, burada onlarca kişi daha ucuz olduğu için dijital boyama yapıyordu, bu da ona dönem Japonya'sında yüksek maliyetine rağmen 3D'yi benimsemeye ikna etti.
Bölüm 1'de Guld karakteri için ekranda gösterilen beyin dalgaları aslında CG tasarımcı Yoshinori Sayama'nın kendi elektroensefalogram verileridir ve Macintosh'ta kaydedilmiştir.
Macross Plus, Yoko Kanno tarafından solo olarak bestelenen ilk anime orijinal soundtrack'idir, önceden esas olarak reklam müzikleri ile tanınmaktaydı; ekip üyelerinin bazıları sonucu duymadan önce gerçek aksiyon müzikleri besteleme kabiliyeti konusunda şüphe duymuşlardır.
Parçalar Tel Aviv'deki İsrail Filarmonisi Orkestrası tarafından tek bir çekişte iki kanallı bir konser salonunda kaydedilmiştir; bu, Yoko Kanno'nun ilk orkestral partisyonunu yazdığı bir deneyim, stüdyo kaydından tamamen farklıdır.
Yoko Kanno, sanal idol Sharon Apple'ın müziklerini dinleyiciyi hipnotize etmeye yönelik gerçek bir "zihinsel manipülasyon silahı" olarak tasarlamıştır; daha sonra bu şarkıların onları orduya katılmaya ya da intiharı düşünmeye ittiklerini söyleyen insanlardan tanıklıklar aldı, bu da müziğin gerçek gücü hakkında farkına vardırmıştır.
Yönetmen, senarist Keiko Nobumoto ve besteci Yoko Kanno, Macross Plus'ta ilk kez bir araya geldiler, daha sonra Cowboy Bebop dizisinde birlikte çalışacaklardır.
Film, Stanley Kubrick'in "2001: Bir Uzay Yolculuğu"na açık referans vermektedir: Guld Goa Bowman adı Dave Bowman karakterine saygı duruşudur ve Sharon yapay zekasının tasarımı doğrudan HAL 9000'i çağrıştırır; Blade Runner filminden alınan ses efektleri de duyulabilir.
İki avcı prototipi (YF-19 ve YF-21) arasındaki rekabet konsepti, 1980'lerde YF-22 ve YF-23 prototiplerinin karşılaştırıldığı ABD Hava Kuvvetleri'nin gerçek Advanced Tactical Fighter programından doğrudan ilham almıştır; Guld'un YF-21'i, Kawamori'nin o dönemdeki en sevdiği prototip olan YF-23'ten ilham alınarak çizilmiştir.
Aphex Twin'in "Selected Ambient Works 85-92" albümünün bir kapaklı tasarımı filmde görülür, dönemin Japonya'da grup henüz pek tanınmadığı zamanda; bu logonun tasarımcısı Paul Nicholson, daha sonra Ghost in the Shell: Stand Alone Complex için "Gülüş" ve "On Bir Bireyler" sembollerini oluşturacaktır.
Geriye dönüş makalesi verilerine göre, Su-47 avcısı (Macross Plus çıkışından yaklaşık üç yıl sonra 1997'ye doğru ortaya çıktı) ile kurgusal YF-19 arasındaki benzerlik, eserin bir tür tahmini olarak yorumlanmıştır.
